“三棵树”名称始于
，当时区域内多是沼泽地，马家沟河从西南向东北、阿什河从东南向西北流入松花江。江南岸形成一个黄沙土岗，生长着枝繁叶茂的三棵榆树，1744年汉人陆氏一家到此处落脚，随后又有人家来这里开荒，逐渐形成屯落，得名三棵树屯。
1932年日本侵略者在此地修建火车站，命名三棵树火车站（现哈东站）。
1934年实行保甲制。
1938年废除保甲制，设三棵树分区。
1947年1月为太平区政府三棵树街公所，同年7月改为三棵树街政府。1954年设三棵树街道办事处。
1958年撤销办事处，1979年恢复街道办事处。
1985年末，办事处驻新江桥街，西起新江桥街、东至铁路、北临松花江、南到桦树街，面积2.7平方千米，人口22833人，居委会15个，居民小组202个。
1996年，面积2.7平方千米，人口2.4万人，办事处驻新江桥街，辖以序数命名的20个居委会。2004年由原太平区划归道外区管辖。