1942年日本占领东帝汶。第二次世界大战后澳大利亚曾一度负责管理东帝汶，不久后葡恢复对东帝汶的殖民统治，1951年将东帝汶改为葡海外省。
1960年，第15届联合国大会通过第1542号决议，宣布东帝汶岛及附属地为“非自治领土“，由葡萄牙管理。
1974年4月25日葡萄牙爆发“武装运动”推翻了独裁政权，葡萄牙开始民主化和非殖民化进程。
1975年葡萄牙政府允许东帝汶举行公民投票，实行民族自决。主张独立的东帝汶独立革命阵线（简称革阵）、主张同葡维持关系的民主联盟（简称民盟）、主张同印尼合并的帝汶人民民主协会（简称民协）三方之间因政见不同引发内战。革阵于1975年11月28日单方面宣布东帝汶独立，成立东帝汶民主共和国。同年12月，印尼出兵东帝汶，1976年宣布东帝汶为印尼第27个省。
1975年12月联合国大会通过决议，要求印尼撤军，呼吁各国尊重东帝汶的领土完整和人民自决权利。此后联合国大会多次审议东帝汶问题。
1982年联大表决通过支持东帝汶人民自决的决议。从1983年至1998年，在联合国秘书长斡旋下，葡萄牙与印尼政府就东帝汶问题进行了十几轮谈判。
1997年亚洲金融危机爆发，1998年印尼苏哈托政权下台。
1999年1月，印尼总统哈比比同意东帝汶通过全民公决选择自治或脱离印尼。5月5日，印尼、葡萄牙和联合国三方就东帝汶举行全民公决签署协议。6月11日，联合国安理会通过决议成立联合国驻东帝汶特派团（United NationsMission in East Timor），于8月 30日主持东帝汶全民公决。东帝汶45万登记选民中，约44万人参加了投票，其中78.5%赞成独立。哈比比总统当日表示接受投票结果。投票后亲印尼派与独立派发生流血冲突，东帝汶局势恶化，联合国特派团被迫撤出，约20多万难民逃至西帝汶。9月，哈比比总统宣布同意多国进驻东帝汶。安理会通过决议授权成立由澳大利亚为首的约8000人组成的多国于9月20日正式进驻东帝汶，与印尼驻军进行权力移交。10月，印尼人民协商会议通过决议正式批准东帝汶退出印尼。同月，安理会通过第1272号决议，决定成立联合国东帝汶过渡行政当局，全面接管东帝汶内外事务。
1999年11月，东帝汶成立具有准内阁、准立法机构性质的全国协商委员会，2000年7月成立首届过渡内阁，2001年8月举行制宪议会选举，9月15日成立制宪议会和第二届过渡内阁，2002年4月举行总统选举，东独立运动领袖沙纳纳·古斯芒当选。2002年5月20日，东帝汶民主共和国正式成立。东帝汶民主共和国是本世纪第一个新生国家。
联合国继续向东帝汶派驻由,民警和文职官员组成的支助团，协助东帝汶政府工作，任期至 2005年5月。2005年 5月 20日，联合国在东设立为期一年的后续特派团，即（联合国东帝汶办事处United Nations Office in East Timor），继续为东帝汶政府重建工作提供协助。2006年8月24日，联合国安理会通过决议，向东帝汶派遣任期为六个月的联合国综合特派团（United Nations Integrated Mission），以协助保持东帝汶局势稳定，帮助东帝汶举行2007年总统和议会大选。2007年2月22日，联合国安理会决定将特派团任期延长一年，确保东帝汶社会治安和大选顺利进行。
2012年4月16日，塔乌尔·马坦·鲁阿克当选东帝汶总统，古斯芒被任命为总理。