1939年后改属第二区。

1950年划为第一区。

1957年撤区建立土桥乡。

1958年成立太阳升人民公社(范围包括现红旗、云龙、旧州全部及灵山的晋文、演丰的美蓝等)，社址土桥圩。

1959年7月，分开成立云龙、旧州两个人民公社，现红旗镇属云龙公社；1961年从云龙公社划出分设土桥人民公社。

1968年改称红旗公社。

1983年改称红旗区公所。

1987年改设红旗镇。

1994年隶属琼山市。2002年10月，海口、琼山行政区划调整。2003年1月1日，琼山区正式成立，红旗镇隶属琼山区。