1953年，该区所辖的15个行政小组撤销，改成立胜利路、车站、格物街、坝上街、尚武街、河北街、崇德街、三里街等8个居民委员会。其后又于1954年增设中心、合浦路、茆公桥等3个居民委员会。
1955年，车站区人民政府更名为车站区人民委员会。其所辖范围、机构不变。
1956年，该区增设七里站居民委员会。同时将格物、坝上、崇德、尚武、河北等5个居民委员会分别更名为蚌一、蚌二、滁州路、巢湖路、雨花桥居民委员会。
1960年城市开展公社化运动，该区于当年6月5日改成立为东市区人民公社（区人委仍存留。中共车站委员会更名中共东市区人民公社委员会。）该公社时下辖三里街、和平路、胜利路、东方红、花冲、大兴集、明光路和红光等8个分社。
1968年5月18日，东市区人民公社撤销，改成立东市区人民政府。机关驻地蚌埠路472号。原东市区人民公社所辖的分社，于当年9月3日全部撤销，改设为18个街道委员会。其中有6个为工厂区居民街道。
同年6月，该区下辖的21个农业、蔬菜大队划出由郊区管辖。
1965年7月，根据安徽省人民委员会关于设立街道办事处和增设居民委员会的指示精神，该区增设胜利路、三里街、花冲、和平路4个街道委员会，居民委员会由前23个增至42个。另增设了合肥肉联厂、合肥造纸厂、合肥建材实验厂等3个工厂家属委员会。时该区人口达到8.56万，较1951年增长34.51倍。
1966年“文革”运动开始后，该区于1967年5月14日被军管，成立中国人民解放军合肥市东市区军事管制小组，接掌全区的领导权。
1968年2月29日，军事管制小组改设为革命委员会。该区原辖街道属调整改设为9个街道革命委员会。即：七里站、和平路、大通路、车站、胜利路、明光路、红光、三里街、铜陵路等。街道以下各居委会全部实行连队军事建置。此设置于1973年改恢复为居委会建置。此间，该区共设有48个居民委员会。
1979年经安徽省革命委员会批复意见，该区居委会扩展为55个。
1980年1月，该区恢复人民政府名称和建置。其下辖街道、居委会于当年3月全部恢复原名。
1989年，该区增设10个居委会和71个家属委员会，并建立安徽省第一个军人家属服务中心。
1999年5月，该区将所辖居委会调整为32个，其后又于2001年9月将所辖家属委员会和居委会整合改建成82个社区居委会。
2002年3月，合肥市进行区划调整，该区更名为合肥市瑶海区。瑶海区辖原东市区和平路、胜利路、大通路、铜陵路、七里站、三里街、车站、明光路、红光9个街道。从原郊区划入城东1个乡，七里塘、大兴2个镇，长淮、方庙2个街道。从原郊区划入杏花村镇板桥、望城店2个村，板桥河以东区域归七里塘镇管辖。从肥东县划入磨店乡（位于肥东县西部与合肥市原郊区接壤处，面积近50平方千米，人口2.6万人）；将肥东县龙岗镇所辖的三合、刘大郢、油坊、大彭、罗岗、马岗、王岗、史城8个村和新站、大店2个居委会划归大兴镇管辖（注：实施交接的过程中，鉴于位于移交区域的龙岗开发区对肥东县经济的重要影响，根据肥东县委、县政府的请求，经市委、市政府协调，将罗岗、马岗、王岗、史城4个村及新站居委会暂缓移交瑶海区管辖，造成4村1居（现已改成5个社区）至今仍由肥东县管辖）。调整后，瑶海区辖城东、磨店2个乡，七里塘、大兴2个镇，和平路、胜利路、大通路、铜陵路、七里站、三里街、车站、明光路、红光、长淮、方庙11个街道。面积142.90平方千米，人口36.53万人，其中非农业人口28.82万人。
2004年，撤销城东乡设立城东街道办事处。2004年底，瑶海区辖12个街道、2个镇、1个乡（包括由新站开发区管辖的长淮街道、方庙街道、七里塘镇）。
2005年，城东街道划出花冲社区、东七社区分别归铜陵路街道、七里站街道管辖，划入大通路街道合裕路社区、明光路街道大王庙社区；铜陵路街道来安路社区、天长路社区划归三里街街道管辖；车站街道三角线社区、红星村社区划归新站试验区管辖，新站试验区长淮街道赵仓坊村民组划归车站街道管辖（暂由新站代管）；胜利路街道大窑湾社区四号门536号大院居民小组划归车站街道管辖，大通路街道铜陵三村居民小组划归和平路街道管辖。至2005年底，瑶海区经过勘界，其辖区境域，东与肥东县接壤，西、南滨南淝河，北邻长丰县，总面积142.9平方千米，下辖13个街道、2个乡镇，人口38.3万。其中非农业人口为28.83万，占总人口75.27%。