1992年撤销清远市清郊区，设立清新县。
2000年，清新县辖23个镇。据第五次全国人口普查数据，全县总人口531226人，其中：江口镇17246人、高田镇13338人、太和镇47478人、回澜镇25304人、太平镇40595人、山塘镇37834人、三坑镇36630人、秦皇镇3388人、珠坑镇8637人、石马镇17470人、南冲镇15943人、石坎镇20867人、龙颈镇16912人、禾云镇16551人、鱼坝镇15295人、新洲镇21739人、沙河镇21643人、浸潭镇54350人、石潭镇50220人、桃源镇15402人、白湾镇8824人、清华镇3673人、升平镇20409人、笔架林场虚拟镇1478人。
清新县
2002年，清新县辖23个镇（太和鱼坝高田升平江口山塘回澜三坑太平泰皇石马南冲石坎珠坑龙颈桃源禾云沙河浸潭石潭白湾新洲清侨），289个村委会、23个居委会。
2003年，根据省、市党委政府的文件及省民政厅粤民区[2002]48号文件精神，清新县委、县政府已于5月21日前顺利完成秦皇镇和回澜镇撤并工作。（1）撤销后的秦皇镇，其管辖的行政区域并入太平镇，目前太平镇管辖原秦皇镇和太平镇的行政区域范围，辖1个居委会和30个村委会，总面积207.5平方千米，总人口62056人，太平镇人民政府驻地不变。（2）撤销后的回澜镇，其管辖的回澜居委会和飞水、井塘、白莲、塔脚、告星、新洲、万群、万星、五星9个村委会的行政区域并入太和镇，回正、低地、大湾3个村委会的行政区域并入山塘镇。调整后的太和镇管辖原太和镇2个居委会，3个村委会和原回澜镇1个居委会，9个村委会，总面积86平方千米，总人口74330人，太和镇人民政府驻地不变。山塘镇管辖原山塘镇1个居委会，17个村委会和原回澜镇3个村委会，总面积84.6平方千米，总人口55497人，山塘镇人民政府驻地不变。
2004年，清新县区划调整，由23个镇撤并为9个镇，其中：撤销禾云、沙河、鱼坝3个镇，设立新的禾云镇；撤销龙颈、珠坑、石马、石坎、南冲5镇，合并设立新的龙颈镇；合并后全镇总面积583.7平方千米，总人口11万多。
截至2005年12月31日，清新县辖9个镇（太和、飞来峡、山塘、三坑、太平、龙颈、禾云、浸潭、石潭）。