紫峰大厦夜景
历史上南京既受益又罹祸于其得天独厚的地理位置和气度不凡的风水佳境，过去曾多次遭受兵燹之灾，但亦屡屡从瓦砾荒烟中重整繁华。且在中原被异族所占领，汉民族即将遭受灭顶之灾时，通常汉民族都会选择南京休养生息，立志北伐，恢复华夏。大明、民国二次北伐成功；东晋、萧梁、刘宋三番北伐功败垂成。南宋初立，群臣皆议以建康为都以显匡复中原之图，惜宋高宗无意北伐而定行在于杭州，但迫于舆论仍定金陵为行都。即使太平天国以南京为都，亦以驱除异族统治为动员基础和合法性之一。所以南京被视为汉族的复兴之地，在中国历史上具有特殊地位和价值。故朱偰先生在比较了长安、洛阳、金陵、燕京四大古都后，言“此四都之中，文学之昌盛，人物之俊彦，山川之灵秀，气象之宏伟，以及与民族患难相共，休戚相关之密切，尤以金陵为最。”
南京一带在100万年至120万年前就有古人类活动，35至60多万年前就有猿人在南京地域生活，汤山旧石器时代文化遗址出土了南京猿人化石，是截至2010年已发现最早的南京的人类生活遗迹。约7000-8000年前，出现了以北阴阳营文化为代表的新石器时代原始村落。在市中心的鼓楼岗北阴阳营、江宁区陶吴乡咎庙等地，发现200多处6000多年前新石器时代的遗址，出土大量的陶器和石、骨制成的生活用具。3000年前，相当于中原的商周之际，秦淮河流域出现了密集的原始聚落，被称为湖熟文化。春秋战国时，在这些聚落的基础上形成了南京地区最早的城邑。
3100年前，南京是西周周章的封地。周灵王元年（公元前571年），楚国在今六合区已设有棠邑，置棠邑大夫，为南京有历史记载的最早的地方建置。春秋末年，吴王夫差在今朝天宫一带筑冶城，开办冶铸铜器的手工业作坊。周元王四年，越国灭吴后，范蠡在今中华门外的长干里筑越城，距今已有2484年。公元前333年，楚威王熊商于石头城筑金陵邑，金陵之名源于此。
公元229年，吴大帝孙权在此建都，改秣陵为建业（后于公元282年改建邺）。吴都城以今太平路一带为中轴线，南拥秦淮，北倚后湖，周长20里19步（今8.5公里左右）。此后，东晋、南朝的宋、齐、梁、陈均相继在此建都，故南京有“六朝古都”之称，今南京图书馆保留有六朝建康城遗址。六朝时期的建康城是当时世界上最大的城市，人口达百万，是世界上第一个人口超过百万的城市，其经济发达，文化繁盛，在江南保存了华夏文化之正朔。六朝南京城和罗马城并称为“世界古典文明两大中心”，以建康为代表的南朝文化，在人类历史上产生了极其深远的影响。
【六朝古都】
211年，孙权自京口迁秣陵，改名建业。229年，孙权称吴大帝，自武昌还都建业。
280年，西晋灭吴，改建业为建邺。后因避晋愍帝司马邺之讳，改名建康。
317年，司马睿即位，是为晋元帝，东晋正式建立，定都建康。
420年，刘裕代晋称帝，宋立国，都建康。
479年，萧道成代宋称帝，齐立国，都建康。
502年，萧衍代齐称帝，梁立国，都建康。
557年，陈霸先代梁称帝，陈立国，都建康。
吴、东晋、宋、齐、梁、陈合称六朝，故南京被称为六朝古都。今南京图书馆保留有六朝建康城遗址。六朝建康城为当时世界上最大的城市，人口达百万。经济发达，文化繁盛，在江南保存了华夏文化之正朔。
【金陵情怀】
公元589年，隋灭陈。隋文帝以石头城为蒋州，隋炀帝时改为丹阳郡。
此后隋、唐两朝统治者将扬州治所自金陵迁至广陵，曾一度取消南京州一级的建制。唐初，杜伏威、辅公祏义军占据丹阳郡，归顺唐廷，唐改丹阳为归化。杜伏威辅公祏起兵反抗，建立宋政权。唐平江南，置升州。
五代杨吴立国，修缮金陵，以为西都。937年，徐知诰（李昪）代吴，南唐立国，定都金陵，改金陵府为江宁府。
【陪都建康】
975年，北宋灭南唐，以江宁府为升州。
1018年，宋真宗以赵祯为升王，不久立为皇太子，改升州为江宁府。
1127年，宋高宗即位，改江宁府为建康府，作为东都。不久金兵南下，高宗南逃，以绍兴为临时首都。
1138年，宋高宗再次逃至杭州，建立行在，改杭州为临安府。建康府绍兴府为陪都。
1275年，元兵南下，以建康府为建康。1329年，改建康为集庆。
【开明之城】
1356年，朱元璋攻克集庆，改集庆路为应天府，作为根据地，朱元璋自称吴国公。
1368年，朱元璋在应天称帝，“山河奄有中华地，日月重开大宋天”故定国号为明，是为明太祖。以应天府为南京，以为首都，以开封为北京，以为留都。
1378年，罢北京，改南京为京师。
1403年，明成祖升北平为北京，以为留都。
1420年底，明成祖迁都北京，以南京为留都。
1644年福王朱由崧在南京即位。
【天国风云】
1645年，清兵克南京。改南直隶为江南省，应天府为江宁府。
1649年，清设两江总督于江宁。1853年，太平军攻克江宁，改江宁为天京，以为都城。在今总统府一带修太平天国天王府。
1864年，清兵克天京，太平天国亡。
【博爱之都】
1912年，孙中山在南京就任中华民国临时大总统，以南京为中国首都。
1927年，北伐军克南京。不久南京国民政府成立。
1937年9月19日，日军第三舰队司令官长谷川清下令对南京等实行“无差别级”轰炸。
12月13日，日军占领南京，后对南京城进行了长达半年的血腥屠。在暴行最猖獗的6个星期里，共害我30多万同胞，强2万以上的妇女，史称“南京大屠”。
【故都重生】
1949年4月23—24日，中国人民解放军占领南京，成立南京市人民政府。
1949年后，南京先为中央直辖市。
1990年南京被确定为国家计划单列市，1994年省会城市取消计划单列，国务院中央机构编制委员会确定南京市行政级别为副省级。