唐代属吐蕃。

元朝时属吐蕃等路宣慰使司都元帅府管辖。

明朝时属蒙古王东宫武藏统治。原有六十个族（部落），后来划二十五个给青海玉桥，余下的三十五个，逐渐演变为四十二族。蒙古王东宫武藏死后，其妻将索宗地区的三族献给达赖喇嘛，剩下的称霍尔三十九族。

清顺治四年（公元1647年）起由清政府管辖。

清雍正三年（公元1725年），清政府委派三十九族基巧总管，直属清朝理藩院夷情衙门管理。

乾隆十六年（公元1751年）改由驻藏大臣直接管理。

清光绪三十二年（1906年）三十九族地区实行改土归流。

民国元年（1912年）政府将该地区分为上、下三十九族。上三十九族归黑河管辖，下三十九族归昌都管辖。此后下三十九族地区成为西康省的一部分。

民国四年（1916年）复归地方政府管辖。

民国二十八年（1940年）藏政府又将三十九族地区分别划为丁青、色扎、尺牍、巴青、索宗、比如、聂荣、嘉黎、沙丁、边坝等十个宗，实行宗本制度，宗本直接由拉萨委派。

1950年解放，1951年8月成立昌都地区人民解放委员会，驻三十九族地区第一办事处（亦称中华人民共和国三十九族地区人民解放委员会）。

1959年4月撤销第一办事处，4月将丁青、色扎、尺牍三宗合并建立丁青县，县府驻丁青镇。

2014年11月，昌都撤地设市，此县为昌都市</a>辖县至今。