西汉时，花果山地区即有建置(每里百户)，曾有荣成里、西长里、宣梁里、衙满里、永昌里和利成里。
三国时属魏，仍属东海郡。魏黄初年间，文帝曹丕把东海郡改为东海国。
西晋，花果山地区为东海郡国的赣榆县地。南北朝时，为南朝宋、齐所控，属青州之东海县。
隋、唐时，属海州之东海县。五代，花果山地区时为吴控，时为唐占，时为周属，州县沿旧。宋，仍属海州的东海县。金，为海州东海县，属山东路。元，花果山地区先后属海州路、海宁府、海宁州管辖。明，属海州。
1661年，被裁为界外，1677年，复为内地，仍属海州。
，州下设镇，镇设董事主管政务。云台山东为东路镇，云台山西为西路镇，花果山地区属西路镇。
1912年，民国建立，裁撤海州，建东海县。不久东海、灌云分治，将东海县东部的镇析为灌云县，花果山地区划归灌云县管辖，仍属西路镇。
1927年灌云县知事公署(前为民政长公署)改为县政府时，花果山地区方建乡，名为灌云县郁林乡，乡公所驻地大村。今新滩村属灌云县驻南城的苍梧乡。
1929年，灌云县划为10个区，新滩村的隶属乡划为驻南城的第九区公所；郁林乡划为驻新县的第十区公所。
1930年，第九区和第十区合并为第七区，区公所仍驻新县，花果山地区隶属第七区。
1935年1月18日，江苏省政府委员会决议析灌云县驻新县的第七区公所所辖3镇17乡及东海县大浦镇，建置连云市，以加强港口建设。4月23日在墟沟成立连云市筹备处，管辖4镇17乡。花果山地区虽属17乡之内，但其政务仍为灌云县第七区公所管辖。
1939年2月27 日，国民党守军放弃连云港，连云市筹备处主管驻新县的第七区公所。随灌云县政府迁往灌河南北农村，张洪仪在新县组织维持会，后改为日伪海州东海县第六区公所，花果山地区为该区公所管辖。
1945年8月，抗日战争胜利。翌年1月，连云市政府在连云港组建办公，下分四区，由原区乡制改为区保制，大村地区及小村属其驻新县第二区，当路、新滩两村属驻南城第三区。
1947年2月1日区划调整，四区改为三区，花果山地区则属第三区。
1948年11月境内解放。同年12月16日，花果山地区建立隶属云台办事处的第一个人民政权——前云区，区驻地大村．下辖大村、当路、温水3个乡。
1949年8月，温水乡改名为前云乡。
1956年3月、1958年2月前云乡、当路乡先后撤并于大村乡，建立大村乡人民委员会，仍驻地大村，隶属云台区人民委员会。
1958年10月。大村乡入民委员会撤销，成立前云、小村、大村、当路、新华5个生产大队，隶属云台区人民公社。
1961年6月云台区人民公社撤销，花果山地区建立市属云台人民公社管理委员会。
1967年3月，“文化大革命”期间，成立三结合（人武部、干部、群众）云台人民公社革命委员会。
1969年11月，改组了公社革命委员会，一批有工作经验的老干部进入领导岗位。
1981年10月。撤销公社革命委员会，复名云台人民公社管理委员会。
1983年4月。撤销公社管理委员会，建立花果山乡人民政府和花果乡经济联合委员会（1997年6月撤销）。隶属新组建的南城区。7月，南城区与盐区合并成立云台区，乡即属云台区。
1996年1月，成立花果山乡人民代表大会。
2011年，花果山乡划归云台山风景名胜区管委会管理。
2012年，原隶属云台山风景名胜区管委会管辖的花果山乡，正式划归新浦区管理。
2014年，撤销花果山乡，设立花果山街道办事处。