三界镇是历史悠久的千年古镇，建制于东汉永建四年（129），析剡县北合上虞县南，置始宁县，县治设今三界镇，隋开皇九年（589）废。大业元年（605），复置始宁县，唐武德八年（625）又废，原始宁县领域仍归旧属。贞元二十年（804），洪水冲毁官巷而成江河，街巷移建至城隍庙前。宋时置三界镇，属会稽县，与嵊县、上虞交界，故名。元设驿站。明成化八年（1472）由会稽县划入嵊县至今。万历年间（1573～1619）设市。

民国15年（1926）镇上发生大火，始宁街焚毁殆尽，崇仁巨商金宪章出资重建。新街全长930米，均系砖木结构楼房，高低一致，格式统一。21年复置镇，37年改乡。

1949年建三界区。

1950年三界区喻宅、孙岙、上王、双溪乡划归绍兴县。

1954年，绍兴县八郑、德政乡划入。

1956年全区13个乡合并为临江、三合、友谊、福源、画图乡，并建三界镇。

1958年三界以区建人民公社，下设临江、蒋镇、友谊、江东、福源、三合管理区，三界镇并入临江管理区。

1961年撤三界人民公社，以管理区建公社，友谊管理区分建友谊、西杜公社。

1981年复置三界镇。

1983年改人民公社体制为乡村建制。

1986年时设蒋镇乡、友谊乡、西杜乡、三界镇、三合乡、江东乡、福源乡。

1992年5月三合、江东、福源乡并入三界镇，西杜乡并入友谊乡。

1993年蒋镇乡改镇。2001年12月蒋镇、友谊乡并入三界镇。

2004年，三界镇认真贯彻科学发展观精神，按照“统筹、整合、提升”思路，围绕建设全面小康社会这一主线，突出工业化、城镇化、农业农村现代化建设重点，统筹协调，克难攻坚，狠抓落实，促进了经济社会协调发展。工业经济运行稳健，农业产业化水平不断提升，村镇一体化建设步伐明显加快，社会各项事业全面推进。2004年度，三界镇被命名为省级文明镇及市级生态镇。

2010年嵊州省级高新技术产业园区授牌仪式，标志着我市产业转型升级又一重要平台——嵊州省级高新技术产业园区（三界）正式成立