西汉时，个旧属贲古县。清光绪十一年（1885年），设个旧厅，建立衙署，专管矿务。
民国二年（1913年），个旧被列为云南省一等大县。
个旧市于1951年1月建市。
1958年，个旧市隶属红河州，州府迁个旧市，同时撤销开远、蒙自县归个旧市辖。后两县于1961年划出。
1988年，经国务院批准，个旧为云南省计划单列市，行使地州级经济管理权。
2000年，个旧市辖1个街道、8个镇、4个乡：城区街道、沙甸镇、锡城镇、鸡街镇、大屯镇、乍甸镇、老厂镇、卡房镇、蔓耗镇、贾沙乡、保和乡、倘甸乡、黄草坝乡。 根据第五次人口普查数据：全县总人口453311人，其中各乡镇人口（人）：城区街道158996锡城镇20165鸡街镇25631大屯镇81680乍甸镇18796老厂镇38055卡房镇43084沙甸镇17104蔓耗镇3464倘甸乡12745贾沙乡19063保和乡10900黄草坝乡3628
2001年，全市辖1个街道、8个镇、4个乡：城区街道、锡城镇、鸡街镇、大屯镇、乍甸镇、老厂镇、卡房镇、蔓耗镇、沙甸镇、倘甸乡、贾沙乡、保和乡、黄草坝乡。
2003年4月25日，云政复[2003]34号：撤销个旧市黄草坝乡、蔓耗镇，合并设立蔓耗镇。
2005年，个旧市撤销鸡街镇、倘甸乡和乍甸镇，设立新的鸡街镇。