丽江战国时属秦国蜀郡。

汉属越郡。

三国属云南郡。

南朝为遂段县，大约在此时纳西族先民迁于此。

唐时曾为姚州都督府地，后为吐蕃，南诏地，称桑川，属剑川节度。

宋为大理善巨郡地，开始建城，忽必烈南征大理，以革囊渡金沙江后在此驻兵操练，“阿营”遗址仍在，当时居民已有千余户，至元十三年改为丽江路，丽江之名始于此，以依傍于丽江（金沙江古名）湾而得名。

明末已具规模，日渐繁荣，本地木氏土司所营造的宫室非常华美。徐霞客在游记中谓其“宫室之丽，拟于王者”，而丽江府“富冠诸土郡”。《明史云南土司传》则言“云南诸土官知诗书，好礼守义，以丽江木氏为首”。府城大研之名亦始于明代。以其位于丽江坝子中心，四周青山环绕，形似一巨砚，故名大研（砚）厢。

清为丽江府。雍正元年（1723），改土设流，结束木氏土司元代以来的世袭统治。乾隆三十五年（1770），置丽江县。

1961年成立丽江纳西族自治县，属丽江地区。

1997年12月，丽江古城申报世界文化遗产获成功，填补了中国在世界文化遗产中无历史文化名城的空白。

丽江的文化在1723年清朝改土归流政策以后成为一个纳西文化和汉族文化的综合体。比起金沙江西岸中甸白地（纳西东巴教发源地）的纳西人和金沙江东泸沽湖地区的摩梭人，丽江坝区的纳西社区受中原汉族文化的影响和同化，这种同化过程在1996年的丽江大地震和此后旅游业的发展中逐步加速。

2003年4月，丽江撤地设市，将原丽江地区改设为丽江市，并将原丽江纳西族自治县分为古城区及玉龙纳西族自治县。