乌丘原为福建沿海渔民在渔泛期或躲避海上飓风时的海上短暂停靠站，其后逐渐有渔民在春秋渔获最丰富的季节居住岛上，居住人数曾高达一千多人，为乌丘岛上住民的开端。

1949年国民党撤退至台湾时，部分参与国共战争的游击队迁移至乌丘。

1952年美国给予军事援助后，始整编游击队为”反共救国军”，其后一些退役军人选择在当地落地生根。

1954年设立乌丘乡公所，并委请同属福建省的金门县政府“代管”。

乌丘乡核废料事件

1998年2月台湾电力公司宣布将把乌丘的小丘屿作为核废料的最终处置场，并会予30亿元新台币回馈金，部份乌丘居民发出抗议，不少媒体也加入声援乌丘居民，在社会舆论压力下，台电于2002年宣布放弃，但是探勘费用乌丘居民一毛也没有拿到。而30亿元假如真的给了，30%将给“名义上代管”的金门县政府，且由于乌丘居民没有土地权状，10亿元也会缴至拥有土地权状的政府，被媒体批为“政府的左手交给右手”。当时由于此事，社会开始讨论乌丘没使用台电的电力，却遭到如此对待，引起波澜。