仙居县历史悠久。早在距今4000—7000年前，仙居一带就有人在这块土地生息繁衍。约7000年前，出现了新石器时代的下汤新石器遗址。下汤遗址与本省河姆渡、良渚文化的遗址同时期，相比毫不逊色，为台州文明发源地。

战国时，仙居为越国领土。秦统一全国后，属闽中郡鄞县回浦乡。东汉时，仙居是国内高僧名道涉足之地，兴平元年（公元194年）建造的“石头禅院”（即石牛“大兴寺”），比国清寺建寺早400多年。

东晋穆帝永和三年（公元347年），仙居立县，名乐安。隋、唐间几经废置，至五代吴越，宝正五年（公元930年），改名永安。宋时，仙居是国内著名的宗教圣地之一。北宋景德四年（公元1007年），宋真宗以其“洞天名山屏蔽周卫，而多神仙之宅”，诏改今名。立县至今已有1600多年。