元、明、清时分属孝义乡、云柯乡，隶属余姚县。

清宣统元年（1909年），分属义三乡、义四乡、义五乡、云城乡和云和乡。

民国十九年（1930年）设周巷镇。

1954年10月划归慈溪县，为县直属镇。

1958年10月改置火箭公社23大队，后改管理区。

1959年6月，复为周巷镇。

1992年5月，精忠乡、云城乡并入周巷镇。

2001年10月，杭州湾镇并入周巷镇。

2011年8月，周巷镇的路湾村、西三村划归庵东镇。

2013年4月27日，经浙江省人民政府批准，撤销天元镇，其行政区域并入周巷镇。