六横开发历史悠久，春秋时，六横属越，开始有人类活动。秦朝（前221－前206）末年一个能施法术的黄公来到东海六横岛降白虎，从此六横岛一度被人们称作“黄公岛”。北宋熙宁六年（1073）舟山置昌国县，下设4乡，六横属安期乡。明朝时属宁波府定海县（今宁波镇海）郭巨千户所管辖。明洪武十九年（1386）信国公汤和治理东南海防，徙岛民人内地。嘉靖十九年（1540）阅人李光头、款人许栋、王直等以双屿港为基地，与佛郎机（葡萄牙）、倭人（日本）互市，规模日大。明洪武二十七年（1394）四月十日，右副都御使朱纨任浙江巡抚，督浙闽海防军务，派福建都指挥金事卢销、海道副使魏一恭等进剿双屿港，李光头等就擒，王直收余众逃遁；朱纨聚木石筑塞双屿港口，海上互市止。嘉靖年间，有航船与沈家门互往。万历十六年（1588）六横岛七峰山建黄荆寺字3间。清顺治六年（1649）十月，明太祖第十子明鲁王朱檀退驻舟山，流民涌人，六横人口大增。十三年八月，清军攻陷舟山，宁海大将军伊尔德以“舟山不可守“为由，撤兵迁民，六横岛民再遭迁徙。康熙二十七年（1698）舟山置定海县，六横属之，初分杜庄、双塘、清港3吞，后改上、下两庄。乾隆五十八年（1793）7月，英国政府遣乔治·马夏尔尼率使团来华，先登陆六横双屿港，后去定海城。中华民国元年（1912）六横设南乡派出所（警官），3年6月裁。

民国16 年设中国国民党定海县六横区分部，为六横最早国民党组织。

民国18～19年六横农民发动“推迟土地陈报“，“革除苛捐“的起义。

1949年10月7日，六横解放。

1949年7月在宁波庄桥宣布成立定海县六横区（含今六横、虾峙、桃花）。

1958年10月六横成立人民公社，下设11个管理区。

1961年调整人民公社规模，复设六横区，下辖佛渡、龙山、五星、峧头、双塘、小湖等人民公社。

1984年9月恢复乡建置。

1986年9月峧头乡、礁潭乡改为峧头镇、台门镇。

1952年5月撤区扩镇并乡，撤六横区，原9个乡镇合并设峧头镇、台门镇、双塘乡、佛渡乡。2001年7月，六横行政区域重新调整，以岛建镇，撤峧头镇、台门镇、双塘乡，成立六横镇。2007年10月，撤销佛渡乡，并入六横镇。2008年5月23日，六横体制又作了重大调整，挂牌成立了舟山市六横开发建设管理委员会，定位为建设国际化、现代化港口宜居城市。