早在五千多年前，就已有人在此生产生活。至三千年前，北至艾溪湖，南至青云谱，这一弧形地带形成了古代南昌居民的聚集区。
《禹贡》属扬州地。春秋属吴。战国属楚。南昌地处吴、楚交界，吴楚相争多在于此。《左传》记载：昭公七年（前553年），楚令尹子荡伐吴师于豫章。
秦属九江郡，浔阳，郡治设在寿春（今安徽寿县）
据《汉书》记载，前202年（汉高祖5年），颖阴侯灌婴奉命驻军当地，修筑“灌城”，次年修筑城池，城址在今南昌火车站东南约4公里的黄城寺，城周长十里八十四步，称为“灌婴城”，开创南昌建城史。
开创了南昌的建城历史，并取“昌大南疆”和“南方昌盛”之意，定名“南昌”。
三国时为东吴豫章郡。291年（晋元康初年），置江州（今江西九江），后移治浔阳（今江西九江）。两晋及南朝时为豫章郡、豫章国。这一时期，伴随着中原文化南渡，南昌城得到了很大发展，逐渐成为中国古代版图上的重要城市。
589年（隋开皇九年）罢郡置洪州，607年（大业三年）复为豫章郡。
622年（唐武德五年），平定地方割据势力林士弘，复为洪州，设总管府。625年（武德八年），改为都督府。贞观初属江南道，733年（开元二十一年）属江南西道，742年（天宝元年）改洪州为豫章郡，756年（至德元年）避唐代宗名讳，豫章郡更名为章郡，758年（乾元元年）再称洪州。建中年间（780-783），置江南西道观察使。865年（咸通六年），升为镇南军节度使。
五代十国时期，南昌的经济与战略地位愈加凸显，南唐中主李璟于交泰元年（959年）升洪州为南昌府，并于961年（宋建隆二年）将都城从江宁迁往南昌，号“南都”。
975年（宋开宝八年）复名洪州，1020年（天禧四年）属江南西路。1030年（天圣八年），江南西路的治所设在南昌。1163年（隆兴元年），宋孝宗继位前曾封建王于此地，故升隆兴府。
1277年（元至元十四年）置隆兴路，1284年（元至元二十一年）更名龙兴路，1362年（至正二十二年）改为洪都府，次年更名南昌府。
元称隆兴路，后又改为龙兴路。是含今天江西、广东在内的江西行省治所，为全国最重要的十路之一。
1370年（明洪武三年）南昌、新建2县同城而治，直到
。
1914年（民国二年）为豫章道。
1926年（民国二十四年）北伐（蒋中正）军攻克南昌后开始设市。撤道，析南昌、新建县治置南昌市，由省直辖。
南昌成为了中华民国军事首都、民国第二首都。
1939年南昌会战失败后日本占领南昌，由日本“大东亚共荣圈”管辖。设立南昌、新建（西山）县属南昌市。（注：今天在当时南昌县属新建县管辖）
1949年5月22日，中国人民解放军解放南昌，南昌成为为中华人民共和国的江西省直辖市、江西省人民政府所驻地。
1949年6月15日，江西省人民政府南昌分区成立，辖南昌、丰城、新建、高安、清江、新淦、进贤（8月从贵溪分区划入）、奉新、安义、靖安(9月从九江分区划入)10县。
1955年，南昌市设东湖、西湖、胜利、抚河4区。
1958年增设青云谱区，南昌专区南昌（驻莲塘镇）、新建（驻生米镇）2县交由南昌市领导。
1961年增设郊区，南昌、新建2县划归宜春专区。
1971年南昌、新建（驻长堎镇）2县再次划入。
1980年撤销胜利、抚河2区。
1981年增设湾里区。
1983年宜春地区安义县、抚州地区进贤县归南昌来属。
2002年6月，经国务院批准，郊区改名青山湖区，并正式挂牌。
2004年，南昌市区划调整，桃花镇、湖坊镇同盟水产场划入西湖区，塘山镇永和村、公园村、贤湖村、永溪村、长巷村、七里村六个村划入东湖区，湖坊镇楞上村、太和村、热心村划入青云谱区，东湖区青山路街办潘坊等七个居委会、西湖区上海路街办洪钢等二十八个居委会划入青山湖区。
2015年8月5日，国务院正式批复了南昌市部分行政区划调整方案，同意撤销新建县，设立南昌市新建区，以原新建县的行政区域为新建区的行政区域，新建区人民政府驻长堎镇新建大道239号。调整后，南昌市辖3县6区，其中城区由东湖、西湖、青云谱、青山湖、新建、湾里6个区组成。
名称由来
南昌寓“南方昌盛”、“昌大南疆”之意。南昌城名数易，别名诸多，汉称豫章，唐称洪州，宋称隆兴，明代定名为南昌。
1926年北伐军攻克南昌后设市。