南北朝时（公元420～581年），番禺沙湾、茭塘两司还“地边多海”，沙湾以南（即灵山、鱼窝头、东涌、潭洲一带）未见有居民居住点的记载，处在茫茫大海之中，是水深6～7米的浅海。

北宋末年（公元1127年），金兵南侵和南宋末年元兵入侵，中原人士大量移民南下，番禺沙湾以南（即灵山、鱼窝头、东涌、潭洲一带）的沙滩由人工堤围的修建而加速形成。

清代，属沙湾都。

民国时期，属第一区。

建国初期，为沙鼻乡。

1953年，今镇境为东涌、石排、石基3个行政乡。

1957年，撤区，并为东涌乡。

1958年1月，并入鱼窝头乡。

1958年至1961年上半年，先后属灵山和鱼窝头公社。

1961年7月，从鱼窝头公社析出为东涌公社。

1984年，为东涌区。

1987年，为东涌镇。

原鱼窝头镇

明代，从东涌石基村沙头至大稳沙鼻梁、南涌村沙鼻寨一带，逐渐出现一个形似鼻子的沙洲（或沙丘），叫“沙鼻沙”或“沙鼻山”。

清代，属沙湾都。

民国时期，属第一区。

建国初期，属沙九螺区联乡办事处所辖的濠下、大乌乡。

1953年，属第二区。

1957年，灵山区撤销，为鱼窝头乡。

1958年10月，并入灵山团。

1959年3月，从灵山公社析出为鱼窝头公社。

1961年7月，析骝岗水道以东为东涌公社。

1984年，为鱼窝头区。

1987年，为鱼窝头镇。

原西樵村

据记载，西樵涌西岸北斗围于1876年筑围，大坳围及西樵围于1776年筑围。西樵建村至今已有100多年历史。

1949～1952年，属榄核乡管辖。

1952年下半年，属大乌乡管辖。

1953年，属双翼乡管辖。

1954～-2006年1月25日，属灵山管辖。

2006年1月25日，番禺行政区域调整后，由原来的灵山镇划出并入东涌镇。

合并建镇

2006年1月25日，鱼窝头和灵山西樵村并入东涌镇。

2012年12月1日，东涌镇由番禺区划入南沙区管辖。