1953年敦煌县以南的海子为中心地区置阿克塞哈萨克族自治区筹备委员会，1954年4月26日成立阿克塞哈萨克族自治区（县级），驻博罗转井。
1955年改名为阿克塞哈萨克族自治县。
建县初期，党和政府无偿拿出资金，调拨了大量的生活必需品，对阿克塞实行了三年的“供给制”。
从1954年直到20世纪90年代初的40多年间，牧民的生活条件依然艰苦，吃水难、行路难、看病难、上学难等事关群众切身利益的问题并没有得到解决。
20世纪90年代，自治县县委、县政府作出县城搬迁和牧民定居双管齐下的战略决策，并得到国务院和甘肃省委、省政府的高度重视和大力支持。
1995年1月，国务院批准同意阿克塞县政府驻地由博罗转井镇迁至红柳湾镇。
1996年初，新县城建设工作全面启动。
1998年县城正式由博罗转井镇迁至红柳湾镇。