金昌明年间黄河开始夺淮，黄水夹带大量泥沙沉积于淮河出海口外，海岸线逐渐东移，境域面积日益扩大。明朝洪武年间，一批苏州居民迁移境域。
至清朝雍正年间，海岸线已东移90公里。雍正九年（1731年），清政府划出山阳县东境马逻、羊寨等40个“图”、盐城县北境庙湾、草堰等19个“里”，加上广袤的海滩，建阜宁县，隶属淮安府。县域总面积为5766.75平方公里，包括今滨海县全部，射阳县大部分，建湖县、响水县、淮安市之楚州区、涟水县各一部分。
民国初年，阜宁县隶属江苏省淮扬道，民国21年（1932年）隶属江苏省第十督察区。
民国29年（1940年），苏北建立抗日民主政权，阜宁县隶属淮海专区。
民国30年（1941年）隶属盐阜行政区，民国34年（1945）隶属盐阜分区。同年，抗日战争胜利，年底，阜宁县隶属苏皖边区第五行政区，民国36年（1947年）2月隶属苏中行政公署第五分区，民国38年（1949年）5月隶属苏中行政公署盐城行政区。
1949年10月1日中华人民共和国成立后，阜宁县隶属盐城专区，1983年隶属盐城市。
自1941年9月起，阜东县（今滨海县）、射阳县、建阳县（今建湖县）、涟灌阜边区（今响水县）相继建立，阜宁县面积逐渐缩小，尔后邻县之间又几度调整区划，至1956年12月，直至现在。