夏：约公元前21世纪禹分九州，邳（pī ）属徐州之城；禹封车正官奚仲为侯，先居于薛（山东薛城），后迁于邳，建立邳国。夏王仲康七年，后羿作乱，太子相依靠邳侯帮助，赶走后羿族，即位。寒蹇又帝相，把持夏政，邳国亡。
商：约前16世纪奚仲十二世孙仲虺辅商汤灭夏桀，封为副宰相居于薛，建邳国，辖邳地。商王外壬元年邳国联合现奾国叛商，到宜甲三年彭伯攻克邳国。
周：约前11世纪邳属青州，为徐国领土。成王二年，徐人奄人反周，成王命伯禽征讨，次年灭徐奄，迁奄君于蒲姑（今睢宁县北），逐徐人于海隅。穆王六年（约前10世纪）徐子诞重建徐国，号称偃王。穆王十三年，徐偃王率九夷之众反周，穆王命造父伐徐，偃王败回武原东山下（邳州戴庄乡依宿山），偃王死，封其子宗续掌其地。前512年，吴灭徐，邳地属吴。前473年越灭吴，邳地属越；次年越让淮北地予楚，邳地属楚。468年魏取楚淮北地，邳地属魏，魏将邳薛合并改名徐州。前300年齐取魏，徐州、邳地属齐。
秦朝时期
前221年秦统一六国，于邳置县，史称下邳县。
两汉时期
西汉：前202年（汉高帝五年），封韩信为楚王治下邳（治，是首府）。次年废除韩信王号，封刘交为楚元王，治彭城。分下邳为武原（今邳州泗口北）、良城（今邳州陈楼以北）、下邳三县隶属楚。前200年（汉高帝七年）封卫不害为武原侯，治武原；前142年（汉景帝后元二年）卫不害入狱，武原仍属楚。下邳、良城改属东海郡。 前117年（汉武帝无狩六年）置临淮郡，下邳、良城属临淮。前106年（武帝元封五年）置十三刺史部，武原、良城、下邳三县归徐州（治所在薛）刺史部。前82年（汉昭帝始元五年）6月封刘文德为良城侯，传五代侯爵取消，良城划为县，仍归徐州刺史部。9年（王莽始建国元年）改下邳为润俭，良城为承翰，武原为乐亭，三县属徐州（治所在下邳）。
东汉：29年（光武帝建武五年）8月，光武帝攻克彭城、下邳，吴汉拔郯城，遂置徐州刺史部于郯，领下邳郡。旋改下邳郡为临淮郡，下邳、良城归临淮，武原属彭城。72年（汉明帝永平十五年），取消临淮郡，置下邳国，治下邳，领17县：下邳、良城、徐县（睢宁徐城镇）、僮县（睢宁西北）、睢陵（睢宁东北）、下相（宿迁）、淮阴（今淮阴市）、淮陵（淮阴北）、淮浦（淮阴东南）、盱眙（盱眙西北）、高山（淮阴西）、潘旗（宿迁北）、取虑（睢宁北）、东城（盱眙东）、曲阳（宿迁西）、司吾（新沂市）、夏丘（沛县东）。武原仍属彭城国。193年（汉献帝初平四年）陶谦任徐州牧，治下邳（现睢宁县古邳镇）。下邳人阙宣聚数千人与陶谦共举兵反，曹操陶谦，任刘备为徐州牧，治下邳，备命张飞守之。196年（汉献帝建安元年），吕布袭张飞，得下邳，自称徐州刺史。次年曹操、刘备共破下邳，擒吕布于白门楼（现睢宁县古邳镇）下。公元199年（献帝建安四年），刘备徐州刺史车胄，夺下邳，命关羽守之，代太守职。次年曹操攻下邳，关羽降曹，下邳入魏。
三国时期
魏初，迁徐州治所于彭城，置下邳郡。下邳、良城属下邳郡，武原属彭城郡。
两晋时期
西晋：280年（晋武帝太康元年）置下邳国，领7县：下邳、良城、凌（睢宁东）、睢陵、夏丘、取虑、僮；武原属彭城国。
东晋：326年（晋成帝咸和元年）济民太守刘闽下邳内史夏侯嘉降石勒，下邳入赵，改置下邳郡。358年（晋穆帝升平二年），任北中郎将郗鉴都督徐、衮、青、冀、幽五州诸军事；徐衮二州刺史，领下邳，邳入东晋。
南北朝时期
南北朝·宋： 420年（宋武帝永初元年），刘裕建立宋朝，次年置下邳郡，领下邳令，南彭城太守领武原令。460年（宋孝武帝大明四年），置下邳太守，领下邳令，良城令、僮令。
南北朝·北魏：525年（魏孝明帝孝昌元年），置东徐州治下邳。
南北朝·梁：533年（梁武帝中大通五年），北魏建义城主兰宝东徐州刺史崔庠，降梁，梁置武州治下邳。
南北朝·东魏：550年（魏孝静帝武定八年），复置东徐州治下邳。领4郡、16县。下邳郡辖：下邳、良城、僮、坊亭（睢宁西境）、栅渊（宿迁境）、归正（分下邳置）6县。武原郡辖：武原、开远（分良城置）、艾山（艾山一带）3县。这年北齐文宣帝受魏禅，邳地入北齐。
南北朝·陈：575年（陈宣帝太建七年），陈将樊毅伐北齐克下邳，陈改东徐州名安州。
南北朝·北周：579年（北周宣帝大成元年），陈的徐州、淮南之地尽没于北周，周改安州为邳州，领下邳、归正二县，废除艾山、开远、武原三县。
隋唐时期
隋：607年（炀帝大业三年），改置下邳郡，领：宿豫（宿迁）、夏丘、徐城（今泗洪北）、淮阳（今淮阴北）、下邳、良城、郯城（今郯城县）6县。废除归正县。
唐：621年（高祖武德四年），置邳州，领下邳、良城、郯城3县。属徐州总管府。628年（太宗贞观元年），废除邳州，置下邳县；省郯城、良城二县，析泗州之淮阳入下邳，隶于泗州。809年（宪宗元和四年），下邳隶于徐州。
五代时期
公元907年至960年，下邳县属武宁军，隶于徐州。
宋朝时期
公元982年（太宗太平兴国七年），置淮阳军治下邳。领下邳、宿迁2县，属京东路。
金朝时期
公元1129年（金太宗天会七年）置邳州刺史，领：下邳、兰陵、宿迁3县。
属山东西路。公元1215年（金宣宗贞佑三年），邳州隶于河南路。公元1221年（金宣宗兴定五年），命蒙古刚移山东行省于邳州。
元明清时期
元：元朝初年，并下邳、兰陵、宿迁3县入邳州。公元1271年（元世祖至元八年）邳州隶于归德府。公元1275年（元世祖至元十二年）复立睢宁、宿迁二县，隶邳州，属淮安府。公元1278年（元世祖至元十五年）邳州领下邳、宿迁、睢宁3县，仍属淮安府。公元1290年（元世祖至元二十七年），邳州随归德府属河南行中书省统辖。公元1348年（元顺帝至正八年）升徐州为总管府，邳、宿（安徽宿县）、滕（山东滕州）、峄（山东峄县）四州隶之。
明：明太祖洪武初年，邳州隶于凤阳府。公元1382年（太祖洪武十五年），邳州属淮安府，仍领宿迁、睢宁2县。改葛峄山为岠山。
清：公元1644年（清世祖顺治二年），置江南省（今江苏、安徽东部），邳州随淮安府隶之。设江宁布政司管理民赋。公元1661年（世祖顺治十八年）江南省设左右布政司，以左布政司管理邳州民赋。公元1664年（康熙三年）设江北按察司，管理邳州民赋。公元1666年（康熙五年），邳州随淮安府直隶于江南省。次年，析江南省置江苏省，设江苏布政司管理邳州民赋。公元1724年（雍正二年），升邳州为江苏省直隶州。领宿迁、睢宁2县。公元1733年（雍正十一年），升徐州为府，邳州改属徐州府。睢宁，宿迁二县属徐州府。
民国时期
公元1912年（民国元年），改州为县，始称邳县。属徐海道。公元1928年（民国十七年），废除道，邳县直属江苏省。公元1938年（民国二十七年），江苏置十个督察区，邳县隶于第九督察区。公元1940年（民国二十九年），中国我党为抗日之计，析邳县之陇海铁路以北置邳县民主政府，驻铁弗寺（今铁富乡驻地）。隶于山东鲁南第三专署。陇海铁路以南，置邳南行署，隶于八路军运西办事处。公元1942年（民国三十一年）邳南行署改为邳南县，隶于邳、睢、铜、灵连防办事处；同年改为邳睢县，隶于淮北第三专署。公元1939年至1945年（民国二十九年～三十四年），期间，日伪以官湖（今官湖镇）为中心置伪邳县公署，隶于伪淮海省。
1943年原邳县之西北及宿羊山（今宿羊山镇）一带属我党兰陵县民主政府管辖；原邳县之车、窑湾一带属我党宿北县民主政府管辖；龙池一带存国民党邳县游击区。
新中国时期
1949年，邳县人民政府（铁路以北），隶于山东省台枣专署， 次年隶于
临沂专署；邳睢县人民政府（铁路以南），隶于江苏省淮阴专署。
1953年，邳睢县撤消，古邳镇析归睢宁县；土山、运河等地析归邳县。邳县人民政府改隶于江苏省徐州专署。次年，邳县人民政府驻地从邳城（今邳城镇驻地）迁至运河镇。
1956年改称邳县人民委员会。隶于徐州地区。
1969年称邳县革命委员会。隶于徐州地区革命委员会。
1981年10月复称邳县人民政府。隶于徐州地区。
1983年实行市管县体制，邳县隶于徐州市。
1992年8月，建为邳州市，徐州市代管。