宁古塔是满族的祖居地之一。汉晋为北沃沮之地，南北朝属勿吉，隋初称靺鞨。公元698年（唐圣历元年），粟末靺鞨首领大祚荣据东牟山（今吉林省敦化市境内），建立震国，仍称靺鞨，史称“旧国”。713年（唐开元元年），唐朝玄宗皇帝册封大祚荣为左骁卫大将军、渤海郡王（遂去靺鞨号），以其辖区置忽汗州，授其都督实职，亦称“渤海都督”。
755年（唐天宝十四年），渤海三世王大钦茂从“旧国”迁都于上京龙泉府（忽汗城，今渤海镇），历时171年。辽属东京道，金属胡里改路，元属辽阳行省开元路，明属奴儿干都司阿速河卫。
清初，1653年6月（清顺治十年五月），设置宁古塔昂邦章京。1662年（清康熙元年），将宁古塔昂邦章京改为“镇守宁古塔等处地方将军”。将军衙门始驻宁古塔旧城（今海林市旧街乡古城村），后因水患和为抗击沙俄用兵需要，1666年（清康熙五年），于牡丹江边觉罗城西南5里处修筑新城（今宁安镇）。新城告竣后，将军衙门从旧城迁至宁古塔新城，是清代边外七大重镇之一。1676年（清康熙十五年），宁古塔将军衙门移驻吉林乌拉城，留协领萨布素镇守宁古塔地方。1678年（清康熙十七年），萨布素升任宁古塔副都统，宁古塔正式设副都统衙门。1727年1月（清雍正四年十二月），于宁古塔设置泰宁县，隶属奉天府，专理汉人民事，与专理满人旗务的副都统同城治事；因距奉天府甚远，领属不便，1729年5月（清雍正七年四月）裁撤泰宁县。
1903年1月11日（清光绪二十八年十二月十三日）奏准，于宁古塔副都统辖区的三岔口（今东宁县三岔口镇）设置绥芬厅，同年3月（清光绪二十九年二月）委官试署。
1909年6月2日（清宣统元年四月十五日），将绥芬厅升改为绥芬府，移驻宁古塔城。隶属吉林省东南路道。与此同时，裁撤宁古塔副都统。
1910年5月（清宣统二年四月），以府治移驻宁古塔城，就宁古塔取义，改为宁安府。
中华民国成立后，1913年3月，将宁安府改为宁安县。
1914年6月，隶属吉林省延吉道。
1929年2月，撤销道的建制，改由吉林省直辖。是时，全县总人口17万余人，为一等县。东北沦陷后，初隶吉林省，1934年12月划归滨江省， 1937年7月划归新设之牡丹江省管辖。
1945年“九三”抗日战争胜利后，1946年4月，宁安县隶属绥宁省管辖。同年8月，将县境北部的新安镇、海林、横道河子等地区划出，设置新海县（县址海林街）。同年10月，撤销绥宁省，改隶牡丹江专区。
1947年5月，将世环镇、镜泊、沙兰等地区划出，设置镜泊县（县址世环镇）。同年10月，隶属牡丹江省。
1948年7月，撤销牡丹江省，划归松江省管辖。同年10月，撤销镜泊县，并入宁安县。
1954年8月，松、黑两省合并后，由黑龙江省直辖。
1956年3月，设立牡丹江专区，将宁安县划归牡丹江专区管辖，同时将原海林县西部地区划归宁安县管辖。
1960年1月至1962年9月，曾将宁安县划归牡丹江市领导。
1962年10月，将原海林县并入宁安县和林口县的行政区域划出，恢复海林县。
1983年9月3日，国务院批准，撤销牡丹江地区，实行地市合并，宁安县再度划归牡丹江市领导。1993撤县建市。