夏其地属青州领域。《史记·夏本纪》载：“海、岱惟青州。”即泰山以东至海是青州。
商为莱国地。
周昌邑市有鄑、密、邶殿、都昌和棠乡。
春秋庄公四年（公元前690年）齐灭纪后所置，以作别都。故城在今中学、师范、医院一带，《左传·襄公二十八年》载：“与晏子邶殿，其鄙六十，弗受。”其处曾名古城，今西有村名辛弋（原新郭），北有村名城后，系城郭之所在地。
秦始皇帝二十六年（公元前221年）灭齐归秦。置县，属胶东郡（又说齐郡）。今饮马以南之地区属琅琊郡。
西汉都昌、密乡、平城、胶阳曾为侯国，后国除为县，属北海郡；又置下密，属胶东国。
东汉属胶东国。汉末，管亥率黄巾军转战县内，孔融御黄巾军屯兵于都昌。《山东通志》载：“袁谭据青州，功北海相孔融于都昌，融败走东山。”
三国都昌、下密 属青州北海国。
西晋武帝(司马炎)泰始元年（公元265年）两县归晋。初属北海郡，太安后属齐郡。密乡及其以南之地区为城阳郡淳于县地。怀帝永嘉四年（公元310年），战乱，邑归汉（前赵）。
东晋元帝建武元年（公元317年），建都建康（今南京）后，先后归后赵（公元323年）、前燕（公元356年）、前秦（公元370年）、后燕（公元387年）和南燕（公元399年）所有。孝武帝太元八年淝水之战后（公元383—387年）和刘裕击退南燕两度归东晋。
南北朝刘宋被废，寄治青州。北魏时，自青州还故治，属北海郡。北齐徙置于今昌乐市。
隋开皇七年（公元587年）置。故址在县城西南二十里，浮糠河（今瀑沙河）东岸，南逄乡内。属潍州。
唐初置訾亭、华池、胶东、平城和下密，寻省入北海。
五代北海县地，先后归后梁（公元907年）、后唐（公元923年）、后晋（公元936年）、后汉（公元946年）和后周（公元960年），隶属同唐。
宋，据《宋书·地理志》记载：“建隆三年（公元962年），经青州北海县建为北海军。置昌邑隶之。”自此始有昌邑之名。县由北海唐安乡析置。乾德三年（公元965年）改属潍州。县城亦移于昌故城东另建。
金天会五年（1127年）归金。属山东东路潍州。昌邑市建有到莱州、密州和潍州的交通孔道，沿道立寨多处。
元属山东东西道宣慰司益都路总管府潍州。
明洪武十年（1377年）省入潍县。二十二年（1389年）复置。改属莱州府平度州。有北部滨海设渔儿镇（今渔尔堡）巡检司。崇祯十三年（1640年）县城改建，易土为砖。始行隅、社制。
清初属莱州平度州。雍正十二年（1734年）改属莱州府。光绪三十四年（1908年）设四隅、四乡、一0六社。宣统二年（1910年），改行区的建制。
1913年（民国二年）裁府。属胶东道，设十个区。
1925年，属胶莱道。
1928年废道，直属山东省。
1938年2月12日，日军占据县城后，国民党县政府迁移今流河乡旗杆元家。
1938年属鲁南道。
1938年属第十七行政督察区。
1939年后，流亡平度、高密等地。属第十三行政专员公署。
1940年7月，改属莱潍道。抗日战争胜利后消亡。
1941年，县人民政府在瓦城成立，直辖县境北部地区，属胶东区西海专区。
1942年7月，改属清河区清东专区。
1944年5月，与潍北县合并，名昌潍县。属渤海区第五专区。
1945年6月复分，改属胶东区西海专区。
1945年8月，原昌邑第十区划入平度和高密，又分置该县。辖今宋庄及其以南之地区。
1945年8月，分出昌南县后，辖今围子镇和南逄乡以北地区，分设十二个区。
1945年改属第十七行政专员公署，县政府与专员公署驻流河。
1948年秋，政府机构由马渠移驻县城。属西海专区。初为昌南行署，十月改建县人民政府，先后驻西郭家庄子、北孟和饮马。设十二个区，属西海专区。
1950年改属昌潍专区。
1956年4月1日，昌南县并入，设十四个区。
1958年2月，撤区并乡，改建四镇二十一乡；同年9月，成立十五处人民公社。
1967年昌潍专区改名昌潍地区。
1983年8月，公社改建乡、镇，有一镇十九乡。
1981年为潍坊地区。
1983年，潍坊地区更名潍坊市，昌邑隶属不变。
1993年7月2日，撤销昌邑县龙池乡，设立龙池镇；撤销青乡乡，设立青乡镇；撤销卜庄乡，设立卜庄镇，撤销仓街乡，设立仓街镇；撤销丈岭乡，设立丈岭镇。
1994年，经国务院批准撤县设市，直属山东，暂时由潍坊市代管。
1995年，昌邑市辖13个镇、9个乡：都昌镇、柳疃镇、青乡镇、龙池镇、卜庄镇、仓街镇、饮马镇、塔耳堡镇、岞山镇、石埠镇、围子镇、下营镇、丈岭镇、李家埠乡、夏店乡、东冢乡、宋庄乡、南逄乡、流河乡、双台乡、太保庄乡、北孟乡。
1996年12月27日，撤销昌邑市北孟乡、李家埠乡，设立北孟镇、李家埠镇。
1997年7月4日，撤销都昌镇，分别设立奎聚、都昌两个街道办事处。
1997年7月9日，撤销宋庄乡，设立宋庄镇
2001年，昌邑市进行行政区划调整：李家埠镇划归奎聚街道，青乡镇划归柳疃镇，南逄乡划归都昌街道，下营镇和东冢乡划归夏店乡，仓街镇划归围子镇，流河乡划归石埠镇，塔耳堡镇划归丈岭镇。
2006年，昌邑市辖2个街道、11个镇、2个乡：奎聚街道、都昌街道、柳疃镇、龙池镇、夏店镇、卜庄镇、围子镇、宋庄镇、石埠镇、饮马镇、北孟镇、岞山镇、丈岭镇、双台乡、太保庄乡。
2007年，昌邑市将2个街道、11个镇、2个乡调整为2个街道、6个镇、1个乡：撤销双台乡，并入都昌街道；撤销夏店镇，并入卜庄镇；撤销宋庄镇，并入围子镇；撤销石埠镇、岞山镇，并入饮马镇；撤销丈岭镇，将原丈岭镇的40个村与太保庄乡合并设立太保庄镇。
2007年，将太保庄镇、岞山镇、丈岭镇划归潍坊市峡山生态经济开发区。昌邑市面积由1578.7平方公里下降至1470平方公里。
2008年，将部分村庄的归属乡镇做了调整。如原属于北孟镇的小营村划入饮马镇。
2009年恢复下营镇，同时成立石埠经济发展区。
2010年，昌邑市撤销围子镇设立围子街道。