敦煌有悠久的历史，灿烂的文化。早在原始社会末期，中原部落战争失败后被迁徙到河西的三苗人在这里繁衍生息。他们以狩猎为主，开始掌握了原始的农业生产技术。

夏、商、周时，敦煌属古瓜州的范围，有三苗的后裔，当时叫羌戎族的在此地游牧定居。在敦煌地区发现游牧民族留下的许多岩画。

战国和秦时，敦煌一带居住着大月氏、乌孙人和塞种人。后大月氏强盛，兼并了原来的羌戎。战国末期，大月氏人赶走乌孙人、塞种人，独占敦煌直到秦末汉初。

西汉初年，匈奴人入侵河西，两次挫败月氏，迫使月氏人西迁徙于两河流域（锡尔河、阿姆河）。整个河西走廊为匈奴领地，号称“控弦之士三十余万”。汉武帝继位后，于建元二年（前138年），首次派遣张骞出使西域，联络月氏、乌孙夹击匈奴。汉元鼎二年（前115年），张骞第二次出使西域，开通了通往西域的丝绸之路。

汉代丝绸之路自长安出发，经过河西走廊到达敦煌，继出玉门关和阳关，沿昆仑山北麓和天山南麓，分为南北两条道路。南线从敦煌出发，经过楼兰，越过葱岭而到安息，西至大秦（古罗马）；北线由敦煌经高昌、龟兹、越葱岭而至大宛。汉唐之际，又沿天山北麓开辟一条新路，由敦煌经哈密、巴里坤湖，越伊犁河，而至拂林国（东罗马帝国）。汉宋之际，丝绸之路是通往西方的交通要道，敦煌也由此成为丝绸之路上的一颗璀璨明珠。

沿着丝绸之路，中国的丝绸及先进技术不断向西传播到中亚、西亚甚至欧洲，而来自西域的物产亦传播至中原地区。丝绸之路上，各国使臣、将士、商贾、僧侣络绎不绝，而敦煌成为“咽喉锁钥”，据丝绸之路之要冲，成为中西方贸易的中心和中转站。西域胡商与中原汉族商客在此云集，从事中原丝绸和瓷器、西域珍宝、北方驼马与当地粮食的交易。与此同时，中原文化、佛教文化、西亚和中亚文化不断传播到敦煌，中西不同的文化在这里汇聚、碰撞、交融，使得敦煌成为“华戎所交，一大都会”，人文荟萃，文化粲然，这些繁荣的景象在莫高窟第296窟窟顶的壁画上有着生动的记载。

汉武帝于元狩二年在河西设置了酒泉郡和武威郡。汉元鼎六年（前111年），又将酒泉、武威二郡分别拆置敦煌、张掖两郡。又从令居（今永登）经敦煌直至盐泽（今罗布泊）修筑了长城和烽燧，并设置了阳关、玉门关，保证了丝绸之路的畅通。敦煌成为中西交通的“咽喉锁钥”。当时的敦煌疆域辽阔，统管六县。西至龙勒阳关，东到渊泉（今玉门市以西），北达伊吾（今哈密市），南连西羌（今青海柴达木），被誉为“华戎所交，一都会也”。

魏晋时期的河西地区先后建立了前凉、后凉、南凉、西凉、北凉等封建政权。前凉张骏时期，曾改敦煌为沙州。公元400年，李暠据敦煌称王，建立西凉国。敦煌有史以来第一次成为国都，以后亡于北凉。凉州成为中国北部的文化中心，敦煌又是凉州文化的中心，名流学者代不乏人。

十六国时期，群雄逐鹿中原，河西成为相对稳定的地区。中原硕学宿儒和百姓逃往河西避难，带来先进的文化和生产技术。汉魏传入的佛教在敦煌空前兴盛。敦煌是佛教东传的通道和门户，也是河西地区的佛教中心。有世居敦煌的译经大师竺法护；有前往印度学习佛法的敦煌人宋云等。法显、鸠摩罗什等佛学大师无论东进还是西去都在敦煌留下了他们的足迹。前秦建元二年（366年〕，乐尊和尚在三危山下的大泉河谷首开石窟供佛，莫高窟从此诞生了。

北魏灭了北凉，统一了北方，占据了河西。这个时期，敦煌比较安定，百姓安居乐业，佛教随之盛行。北魏的人在莫高窟开凿洞窟13个。

敦煌隋唐宋元

隋朝的建立，改北周以来的鸣沙县为敦煌县，后来又将大批南朝贵族连同其部族远徙至敦煌充边。南北汉文化在敦煌融为一体，使敦煌的地方文化更加富有明显的特色。隋文帝崇信佛教，曾几次下诏各州建造舍利塔。诏命远至敦煌。在最高统治者的提倡下，隋代存在的37年，在莫高窟开窟77个，规模宏大，壁画和彩塑技艺精湛，同时并存着南北两种截然不同的艺术风格。

唐代的敦煌同全国一样，经济文化高度繁荣，佛教兴盛。莫高窟开窟数量多达1000余窟，保存至今的有232窟。壁画和塑像都达到异常高的艺术水平，贞观十九年（公元645年），唐玄奘到印度取经返回，经敦煌回到长安。莫高窟中唐洞窟中保存了大量吐蕃时期的壁画艺术。藏经洞内保存了大量的吐蕃文经卷。

“安史之乱”使得唐王朝由盛转衰，吐蕃乘虚占领河西，统治长达70余年。

唐宣宗大中二年（848年），敦煌百姓难以忍受吐蕃统治，张议潮率众在河西发动起义，驱走吐蕃贵族，收复河西故地，并归顺唐朝，被封为河西、河湟十一州节度使，建归义军，治沙州。后来，张议潮之孙张承奉叛唐自立“金山国”，结果被回鹘打败。914年，金山国亡，张氏绝嗣，沙州长史曹议金自领节度使。曹氏统治时期，笼络当地望族，发展生产，推行教化，改善同周边民族关系，使河西维持了稳定安宁的局面。这一时期，莫高窟的开窟造像仍在进行，并未受到局势变动的影响。

11世纪初，党项族兴起，称霸河西，建立了西夏王朝，与宋、辽形成三足鼎立局面。西夏统治敦煌的一百多年间，重视经济发展，使敦煌保持着汉代以来“民物富庶，与中原不殊“的水平。西夏统治者崇信佛教，不排斥汉文化，在文化艺术方面取得了长足的发展。据统计，在宋、夏时期，共开凿洞窟100个。至今，莫高窟和榆林窟保存着大量丰富而独特的西夏佛教艺术。“敦煌遗书”即在西夏统治时期（1036年）封藏于莫高窟第17窟内。

1227年，蒙古大军灭西夏，攻克沙州等地，河西地区归元朝所有。升敦煌为沙州路，隶属甘肃行中书省。后升为沙州总管府。元朝远征西方，必经敦煌，敦煌一度呈现出经济文化繁荣的景象，和西域的贸易更加频繁。著名旅行家意大利人马可波罗就是这一时期途经敦煌漫游到中原各地。元朝统治者也崇信佛教。莫高窟的开造得以延续。现存元代洞窟约10个。

敦煌明朝之后

明朝建立后，朱元璋派兵平定河西，修筑嘉峪关、明长城，重修肃州城。为加强西北边疆防卫，又设置关西七卫。永乐三年（1405年），在敦煌设沙州卫。后吐鲁番攻破哈密，敦煌面临威胁。明王朝又在沙州古城设置罕东左卫。正德十一年（1516年），敦煌被吐鲁番占领。嘉靖三年（1524年），明王朝下令闭锁嘉峪关，将关西平民迁徙关内，废弃了瓜、沙二州。此后二百年敦煌旷无建制，战乱连年，百姓流离失所，田园渐芜，敦煌渐渐衰败，成为“风播楼柳空千里，月照流沙别一天“的荒漠之地了。

清康熙后期，清王朝渐次收复了嘉峪关外的广大地区。雍正三年（1725年），在敦煌建立沙州卫，并开始从甘肃各地移民2400户到敦煌垦荒定居，同时又迁吐鲁番、罗布泊大批兵民于沙州一带。雍正末，沙州已有耕地10万余亩，引党河水分10渠灌溉，农业得到很快的恢复和发展形成河西走廊西部的戈壁绿洲。到乾隆二十五年（1760年），改沙州卫升敦煌县，隶属安西直属州，直至辛亥革命。

1949年中华人民共和国成立后，敦煌一直是县府所在地。

1986年又被国务院命名为“中国历史文化名城”。

1987年经国务院批准撤县设立敦煌市。

2014年12月甘肃城镇体系规划面向社会征求意见 敦煌拟升格为地级市。