西汉武帝元鼎六年（公元前111年）复置南海郡，珠海地区属南海郡番禺县地。
晋至陈朝隶属东官郡，隋朝隶属宝安县，唐代隶属东莞县辖。当时在今山场村设立文顺乡，是香山地区最早的行政机构。
宋朝以后，因这里盐业和银矿业兴旺，开始在山场村设置香山镇。至绍兴二十二年（1152年）设置香山县，隶属广州府。
沿至元、明、清三代。明末在前山筑城池，称“前山寨”，既是军事要塞，又兼管澳门和前山行政、外交事务。
1553年，葡萄牙人占据澳门，澳门逐渐发展为东西贸易、文化交流的中心，大批移民迁入邻近的珠海地区。
辛亥革命以后，香山县隶属广东省。
1925年4月15日为纪念孙中山易名中山县
，隶属第一行政督察专员公署。1930～1934年中山县政府设在唐家。
1949年10月30日，珠海内陆地区解放。
1950年8月3日万山群岛海岛地区解放。
1951年1月，从中山县划出鸡头角、涌口山、万山群岛、淇澳岛，从东莞县划出万顷沙、五涌、一涌、龙穴岛（今万顷沙、五涌、一涌、龙穴岛今均属于广州市南沙区），从宝安县划出内伶仃、固戊、蛇口、盐田、外伶仃岛、佳蓬列岛等组成广东省人民政府海岛管理局珠江分区，后改为珠江专区海岛管理处，隶属珠江专署（珠江管理区建于1952年，1992年设广州市珠江管理区。珠江华侨农场先后归中侨委、省华侨管理局、广州市农场管理局等管理，2008年2月，广州市撤销珠江管理区，设立广州南沙区珠江街道办事处，万顷沙、五涌、一涌、龙穴岛今天均属于广州市南沙区）。
1952年7月，海岛管理处移交给中山县，同年10月在唐家镇设立渔民区人民政府，管理48个大小岛屿和海湾。
1952年12月，设立中山县渔民区，管理珠海市的香洲、唐家、万山群岛、担杆列岛等沿海地区，区政府设在唐家。为加强海边防管理，发展渔农业生产，经政务院批准，于1953年4月20日成立珠海县，从中山、东莞、宝安划出一部分沿海地区及140多个岛屿，成立珠海县，县址设在唐家湾，隶属粤中行署。珠海自此有了独立的行政建制。
1955年珠海划为边防区，设立上涌、下栅边防检查站和发边防居民证。
1956年底，撤区并大乡，并将中山县的翠微、康济、造贝、下栅、官塘、东岸六个小乡划入珠海县。
1958年10月各乡成立人民公社，不久全县成为一个大公社。
1959年3月，中山、珠海合并为中山县.8月成立珠海工委。
1961年4月，恢复珠海县建制，县址设在香洲。
1979年3月5日，国务院批准成立珠海市，珠海县改为省辖市建制。
1980年8月26日，五届全国人民代表大会常务委员会二十五次会议批准，在珠海设立经济特区，下设一区（唐家）、二区（前山）、三区（三灶）、四区（万顷沙，属于广州市南沙区）。
1980年8月，特区面积先是6．81平方公里，1983年扩大为15．16平方公里，1988年扩大到121平方公里。
1983年5月，斗门县划归珠海市辖。
1984年6月，在原珠海县范围管辖区域设立香洲区，为县一级建制。以后珠海境内由广东省管辖的红旗、平沙农场划归珠海，2010年是珠海经济特区成立30周年庆。
2009年，横琴纳入珠海经济特区范围，珠海经济特区总面积扩大为227.46平方公里。
2010年8月26日，经国务院批准，将珠海经济特区范围扩大到珠海全市，特区扩容从2010年10月1日起正式实施。
珠海地处海边防，历史上都是军事要塞。南宋末年，是元军与宋军交战之地。明天启元年（1621）官府为“制澳夷”（指占据澳门的葡萄牙）在前山建立新寨，称“前山寨”，设参将府，派陆、水兵近2000名驻守。17世纪中叶，万山、东澳海域是外敌入侵、战乱频繁之地，在东澳岛建立铳城，派兵守备。清朝初年，清政府实施海禁，对澳门严加防范。清道光年间在淇澳岛设立台，清道光十九年（1839），林则徐任钦差大
臣，驰赴广东沿海查禁鸦片，率兵到香山县前山寨视察，加强这一地区布防，并于清道光二十一年（1841）在北岭狮子山筑台，派兵驻守。清光绪十三年（1887）正式建立拱北关，依据中葡北京不平等条约，开设拱北口岸。前山寨驻军减少，城池逐渐成了贸易墟市和民居。
澳门原属香山县辖，早在明嘉靖三十六年（1557）至18世纪中叶，葡萄牙先后在澳门修建台。鸦片战争爆发，葡萄牙为英国提供台，攻关闸，入侵拱北，清军败退，第一次失去对澳门地区的军事控制权。清道光二十九年（1849）澳督阿马喇为扩张土地，开辟驰道，恣意践踏前山农田和毁坏坟墓，为龙田村农民沈亚米所，葡趁机挑起战争，于清道光二十九年（1849）占领澳门望厦村；清咸丰元年（1851）侵占凼仔岛，清同治三年（1864）侵占路环岛；清同治六年（1867）侵占沙梨头和沙岗等村；清光绪五年（1879）侵占龙田村；清光绪十一年（1887）3月26日在葡京都签订所谓四款“中葡会议草约”；同年12月在北京签订所谓“中葡条约”五十四款；清同治十三年（1874）葡萄牙在拱北建关闸，这是葡萄牙侵占中国领土的历史见证。