民国十六年（1927年）太原设市之前，南城地区分属阳曲县、太原县。

民国三十四年（1945年），太原以城池为界，划为内八区、外八区，区境为内一、二、三、八区及外一区、外二区管辖地。

1949年5月27日，将原16个区（内、外八区）合并为8个区，南城区境属第一、二、五、六区。

1954年6月4日，太原市各城区以地区方位命名，遂将第一区命名为太原市南城区，辖13个行政街，区政府驻活牛市12号（今解放路中段东侧23号楼址处）。

1956年，区政府改称区人民委员会。

1958年，将郊区的狄村街道辖地划归南城区管辖。同年11月12日区机关迁至柳巷南路19号。

1960年6月20日，撤销南城区人民委员会，改置柳巷、双塔两个城市人民公社。

1961年5月18日，撤销城市人民公社，恢复南城区人民委员会建置。

1969年9月7日，成立南城区革命委员会，同时南城区人民委员会停止行使职权。

1980年9月1日，经区第七届人民代表大会第一次会议选举产生南城区人民政府，终止南城区革命委员会职权。

1994年12月，区政府迁至棉花巷15号。

1996年，辖柳巷、文庙、庙前、迎泽、桥东、双塔、坞城、北营、老军营9个街道，334个社区。

1997年5月8日，国务院批准撤销太原市南城区、北城区、河西区、南郊区、北郊区，设立太原市小店区、迎泽区、杏花岭区、尖草坪区、万柏林区、晋源区。迎泽区辖原南城区的迎泽、桥东、文庙、柳巷、老军营、庙前6个街道，原南郊区的孟家井、郝庄（不含狄村）2个乡。区人民政府驻棉花巷。