春秋战国时期，新昌县境先后属越、吴、楚等国，秦代起属会稽郡，汉代至唐代均为会稽郡所辖剡县的一部分。后梁开平二年（908），析剡县东南部13乡置新昌县，县名得自新昌乡名。相继隶属于越州、绍兴府和绍兴地区、绍兴市。

唐朝末年，军阀割据，拥兵自立，唐乾宁三年（896），钱镠攻下越州，建立吴越国。吴越王钱镠因都城钱塘江至温州路途悠远，剡东南人员往来，特资交流，比较频繁，而沿途无驿站接应，于是在五代梁开平二年（908），分剡东13乡置新昌县，这13个乡是永寿、石顺、昌化、像明、遵德、石城、五山、丰乐、彩烟、善政、新昌、安仁、守义。县名来自新昌乡名，也寄寓着新设县兴隆、昌盛之义。

元代属绍兴府，隶于江浙行省。

明代，隶于浙江布政使司宁绍道。

清代，新昌属绍兴府，隶于浙江省宁绍台道。

民国时期，浙江省设行政督察区，新昌县先后属第二、第三区。

1949年5月22日，新昌解放，属绍兴专区（驻地越城）。

1952年属宁波专区。

1958年11月，新昌县制撤销，行政区域并入嵊县。

1961年复置新昌县，属宁波专区。

1964年属绍兴专区，1970年属绍兴地区，1983年属绍兴市至今。