隋初，废建安、南安二郡为县，龙溪县直属泉州（治在今福州）。大业三年（607年）复置建安郡，龙溪属之。
唐武德元年（618年），改建安郡为建州，龙溪县属之。武德二年（619年），龙溪县属隋吴兴郡守梁王沈法兴辖地。武德三年（620年），龙溪县属吴王李子通辖地。武德五年（622年），龙溪县全境归唐，析建州地置丰州（治在南安），龙溪县属丰州。贞观元年（627年），废丰州，龙溪县隶岭南道泉州（治在今福州）。垂拱二年（686年），析龙溪县南境置漳州，治在漳浦（今云霄），龙溪仍属泉州。圣历二年（699年），析泉州的莆田、南安、龙溪三县置武荣州。圣历三年（700年），武荣州废，龙溪县还隶泉州（治在今福州）；同年改元久视元年，复置武荣州。景云二年（
711年），改武荣州为泉州（治在今晋江），龙溪县属之。开元二十一年（733年），龙溪县属福建经略使泉州（治在今泉州）。开元二十九年（741年），龙溪县由泉州割属漳州。天宝元年（742年），漳州改称漳浦郡，改隶江南道。天宝十年（751年），龙溪县属岭南经略使漳州。上元元年（760年），龙溪县随漳州由岭南还隶福建节度使。贞元二年（786年），漳州治所从漳浦县李澳川迁龙溪县城，龙溪县城关漳州由此得名。光启元年（885年），淮南光州刺史王绪渡江陷漳州，为王潮所。王潮遣王审知引兵围泉州拔之，王潮遂据有漳泉之地。后唐长兴四年（933年），闽王王延钧称帝，龙溪县属闽国漳州。南唐保大三年（945年），刺史王继成以漳州降南唐。保大四年（946年）改漳州为南州。保大五年（947年），南唐兵围福州不能克，泉州刺史留从效引兵还泉州。唐戍将不得已引兵归。留从效自此据有漳、泉。保大七年（949年）南唐以漳、泉置清源节度使。
北宋建隆三年（962年），留从效卒，陈洪进继有其地。乾德四年（966年），复南州为漳州。太平兴国三年（978年），陈洪进上表献漳泉二州，龙溪归宋。雍熙二年（985年），龙溪县属福建路漳州漳浦郡。
元至元十六年（1279年），漳州漳浦郡改为漳州路，龙溪县属之。
明洪武元年（1368年）龙溪县隶属福建承宣布政使司漳州府；洪武二年（1369年）属福建行中书省漳州府；洪武九年（1376年）属福建承宣布政使司漳州府。
清代（1644年—1911年），龙溪县隶属福建布政司漳州府。雍正十二年（1734年），龙溪县为漳州府所辖七县之一。城区是漳州府、龙溪县的治所。
清宣统三年（1911年）辛亥革命，清王朝覆灭，九月二十一日漳州宣告光复。
民国元年（1912年）建立中华民国，废府设路，福建划为东、西、南、北四路，漳州属西路，龙溪县属之。
民国3年，改路为道，西路改为汀漳道，龙溪县属之。
民国4年，袁世凯称帝，改国号中华帝国，漳州属汀漳道。
民国7年—9年，援闽粤军在漳州设闽南护法区，县地属之。
民国14年，废道，实行省、县二级政制，龙溪县隶属福建省。
民国21年4月20日至5月28日，中国工农红军东路军进驻漳州，成立闽南工农革命委员会，建立临时政权机关，龙溪县城关为临时机关所在地。
民国22年11月20日“福建事变”，在福建成立中华共和国人民革命政府，将福建划为闽海、延建、兴泉、龙汀四省。
民国23年1月1日在漳州成立“龙汀省人民政府”，龙溪县属龙汀省，“福建事变”于民国23年2月20日宣告结束。
民国23年7月，福建省划为10个行政督察区，龙溪县属第六行政督察区；翌年10月，全省改划为7个行政督察区，龙溪县属第五行政督察区。
1949年09月19日，龙溪县城漳州解放，隶属中国人民解放军漳州军事管制区。10月20日，龙溪县隶属福建省第六行政督察区。
1950年1月1日，第六行政督察区改称漳州行政督察区，9月18日，又改称为龙溪地区，龙溪县属之。
1951年6月1日，析龙溪县城关置漳州市（县级市），隶属龙溪地区。
1955年3月，龙溪地区改称龙溪专区，漳州市属之。
1967年4月，漳州市隶属中国人民解放军福建省龙溪地区军事管制委员会。
1968年5月15日，漳州市革命委员会成立，隶属龙溪专区革命委员会。
1978年03月17日，成立龙溪地区行政公署，漳州市革委会属之。
1980年11月4日，撤销漳州市革委会，成立漳州市人民政府，仍隶属龙溪地区。
1985年05月14日，经国务院批准，7月20日撤销龙溪地区行政公署，漳州市升为地级市，9月21日原漳州市建制改设芗城区（以境内九龙江西溪别称芗江而得名），隶属地级漳州市。
1986年，芗城区分为市区、郊区2部分。市区设东铺头、西桥、新桥、巷口、南坑5个街道，共辖48个居委会。郊区设浦南、天宝2个镇及芝山、石亭2个乡，共辖82个村、2个居委会。
1988年，市区增设5个居委会（湖内、南丰、东湖、东岳、南坑北）；新桥街道船民委员会改称九龙居委会。郊区浦南镇增设松州村。
1990年，市区南坑街道增设洋筠居委会。至年底，芗城区辖5个街道（东铺头、西桥、新桥、巷口、南坑）、2个镇（浦南、天宝）、2个乡（芝山、石亭），共有56个居委会、83个村。
1996年05月31日，国务院批准（国函[1996]38号）：将芗城区芝山镇的古塘、群勇、市尾、塔后、土白、下洲6个行政村，南坑街道办事处的东岳、岳北、漳糖、东关、南坑、洋筠6个居委会和洋筠1个行政村，巷口路以东属新华东居委会的部分划归龙文区管辖。
1997年，面积264.6平方千米，人口36万，辖5个街道、4个镇：东铺头街道、南坑街道、西桥街道、新桥街道、巷口街道、芝山镇、浦南镇、天宝镇、石亭镇。区政府驻南昌路。
2003年，芗城区辖6个街道、4个镇：东铺头街道、西桥街道、新桥街道、巷口街道、南坑街道、通北街道、浦南镇、天宝镇、芝山镇、石亭镇。
截至2014年02月10日，芗城区辖四个镇、六个街道办事处和一个管委会。即天宝镇、浦南镇、石亭镇、芝山镇；新桥街道办事处、西桥街道办事处、南坑街道办事处、巷口街道办事处、通北街道办事处、东铺头街道办事处和金峰开发区管委会。