1944年，国民党长安县对村庄土地进行测绘，编制《地基图》，确定清凉寺面积为80余亩，其中建筑面积十五亩，分南北两院。南院有僧房三间及大雄宝殿，殿内有弥勒玉佛一尊，隋代风格，造型精美，现保存於西安碑林博物馆。寺内现存民国甲戌年住持僧智朗建立的「古清凉寺」石碑一通。
1949年前后，显良法师、普照法师、广禅法师等在此常住。当时古清凉寺属十方丛林，松柏环抱，竹林幽静，佛事鼎盛，殿堂庄严，规模仍为可观。
1950年，长安县法院搬迁至清凉寺南院办公。
1963年，县党校、上塔坡小学分别设在此处。
1971年文革期间，小学迁校改建，寺院被严重损坏，殿堂房屋被拆毁，树木被砍伐。
1996年，落实宗教政策，清凉寺被批准为宗教活动场所，并划拨土地，用于寺院修复建设。
1997年，长安县政府下发了《关於为恢复清凉寺划拨国有土地使用权的批复》，同年十二月清凉寺获得十六．五六七亩土地的使用证。
1998年和2001年两次建成僧房二十间，灶房三间，饮水井一眼。