春秋以前属北狄、西戎等北方游牧部落之地。

战国时期，属北狄郡辖地。秦卫北地郡富平县地。

西汉分属北地郡治灵州、灵武两县。

东汉仍为北狄郡灵州县 （后废）、灵武县辖地。

三国、西晋时期，为羌、鲜卑、匈奴等部族驻牧地。

东晋、十六国时期，先后属后赵、前秦、后秦、夏4国辖地。

南北朝时期，先后属北魏、西魏、北周辖地，北周时期为怀远郡怀远县（治银川老城东）辖地。隋立弘静县 （治望洪堡东），分属弘静、灵武（治邵岗堡）、怀远3县辖地。唐先后改弘静县为安静县、保静县，分属保静、灵武、怀远3县辖地。

五代保静、灵武、怀远均废县为镇，属朔方节度使灵州地。

北宋时属西夏静州（望洪镇附近）、顺州（邵岗堡西）、怀州（掌政乡南）、永州（杨和堡附近）4州地。

元属甘州行中书省、西夏行中书省、甘肃行中书省，隶属宁夏行省之宁夏府路。

明先属宁夏府，后分属于陕西都指挥使司之宁夏卫、宁夏前卫、宁夏左屯卫、宁夏右屯卫等4卫。

清雍正三年（1725年）永宁分属宁夏、宁朔两县。

民国三十年（1941年）4月1日，永宁置县，永宁建县时，从当时宁朔县划出的是东、北部的村堡，有望洪、王太、杨和、旺全、增岗、靖益、魏信、新城等；从当时宁夏县划出的是其东、南部的村堡，有通贵、通朔（今永固）、镇河、张政、许强、许旺、杨显、丰盈等。始驻望洪堡，数月后迁至杨和堡。当时全县设14个乡，以数字序号为名。

1949年9月23日，永宁解放。9月28日，成立了永宁县第一届人民政府，隶属于宁夏省。实行区、乡制，全县在调整组建为7个区55个乡。

1950年，经两次调整后为6个区48乡。

1951年6月，四区的6个半乡和六区的3个半乡划归银川市。原四、六两区未划归银川市的5个整乡和2个不完整的乡调整组建为6个乡，区名改称第四区，驻五渡桥。

1954年9月27日，宁夏省建制撤销，永宁县隶属于甘肃省银川专区。

1955年，撤销原有5个区，38个乡合并为19个乡

1956年，增设永华乡。

1958年9月，人民公社化，实行政社合一，撤销乡建制。永华乡划归银川市管辖，归属战斗公社（后更名为良田公社）。全县组建为4个人民公社。10月25日，宁夏回族自治区成立，隶属宁夏回族自治区。

1959年，胜利、和平、红旗、星火等4个公社分别改名为望远、杨和、王太、掌政公社。

1960年3月，掌政公社除政权大队外，划归银川市管辖。

1961年，4个公社调整划分为8个。

1963-1981年间，各公社先后对所辖生产大队调整划小，由45个增至70个。

1964年，掌政公社由银川市划归永宁县管辖。

1972年11月，掌政公社划归银川市管辖，同时还将望远公社的塔桥大队划归银川市大新公社。

1982年4月，在县人民政府驻地杨和堡设置了杨和镇。

1983年，公社体制改革，各公社均改称乡。

1984年，撤销李俊乡，改设为李俊镇。

1993年，撤销望远乡，设置望远镇；至此，全县下辖杨和、李俊、望远等3镇，仁存、望洪、增岗、杨和、胜利、通桥等6乡。

2000年，永宁县辖3个镇、7个乡。

2005年底，永宁县辖1个街道，5个镇，1个乡。

2006年，辖5个镇、1个乡。县人民政府驻杨和镇。