1493年11月克里斯托弗·哥伦布航行至此，并命名为圣胡安岛（San Juan），以纪念施洗约翰（John the Baptist）。

1508年西班牙人J.庞塞·德·莱昂在岛上建立殖民据点，次年被任命为总督。

1509年沦为西班牙殖民地。岛上原有的土著印第安人由此沦为奴隶，被驱赶到农场和金矿去做工。

1509年，行政中心波多黎各建成，当地政府于1521年，将岛名改为波多黎各，其首府则改名为圣胡安。

1511年泰诺人在其首领瓜伊巴那领导下发动起义，遭殖民当局镇压，有6000印第安人遭到屠。

16世纪中叶，泰诺人被消灭殆尽，殖民者从非洲运来黑人充当奴隶，种植甘蔗。此后波多黎各先后受到海盗骚扰和英、法、荷等国的袭击。

18世纪中叶，移民和黑奴不断增加，咖啡成为主要出口物资。

1869年9月23日波多黎各人民在R.埃梅特里奥·贝当塞斯领导下，在拉雷斯镇举行起义（史称“拉雷斯呼声”），24日宣布成立共和国，后被西班牙殖民军镇压。经过长期斗争，波多黎各终于被西班牙赋于地方自治的权力。不过，从这时算起到美西战争后该岛变为美国殖民地，当中仅有一年的时间。

1898年美西战争爆发，西班牙战败，根据巴黎条约，波多黎各割让给美国。美国对波多黎各的行政管辖，首先采取了军政府的形式。在其对该岛的两年治理中，军政府建立起学校、公路、铁路、医院和卫生设施。在1900年，美国国会在该岛确立了文官控制。总督、内阁和波多黎各立法机构两院当中的一院由美国总统任命。波多黎各人选举立法机构的另一院以及一位驻首都专员，该专员将在华盛顿代表该岛利益，在国会有发言权但无表决权。波多黎各人还免于缴纳美国税收。

1917年，美国国会通过琼斯法案，将“美国公民籍”强加于波多黎各人民。

1937年，波多黎各人民在波多黎各国民党领袖P.阿尔维苏·坎波斯在蓬塞发动独立起义，但再次遭到镇压。

1947年美国国会允许总督由选举产生。

1950年11月1日，波多黎各民族英雄奥斯卡·科拉佐和格利斯里·托雷索拉刺美国总统失败，另外一些波多黎各民族主义分子在国会众议院走廊开**，射伤了好几位众议员。

1950年10月30日，波多黎各人民再次武装起义，宣布成立波多黎各共和国，31日失败，100余人被逮捕。

1952年美国给予波多黎各自由联邦的地位，实行自治，但外交、国防、关税等重要部门仍由美国控制。

1972年以来，联合国非殖民化特别委员会多次重申波多黎各人民享有自决和独立的不可剥夺的权利。

1977年美国总统杰拉尔德·鲁道夫·福特向国会提交了《1977年波多黎各立州法》，主张把波多黎各变成美国的第51州。

1982年11月罗纳德·威尔逊·里根总统发表声明，支持波多黎各成为美国的一个州。

1993年11月，波多黎各再次就与美国的关系举行全民公决，结果多数人仍主张维持美国的自由联邦地位。

2012年11月6日，波多黎各再次进行了第四次公投。此次公投由两轮投票构成。在第一轮中，波多黎各人就“在与美国关系上是否想改变现状”进行投票。180万人具有投票资格，有6.5万人放弃了第一轮投票，在参加投票的人中，54%的人支持改变关系。随后，波多黎各人就如何作出改变进行选择，有“成为美国一州”、“扩大自治权”和“完全独立”三个选项供投票者选择。在此轮投票中，只有130万人进行了投票，61%的民众支持成为美国第51个州，约33%希望扩大自治权，而仅有5%的人赞成完全独立。