盐源县历史悠久，商周及战国之时，为西南夷笮人游牧之地。秦及汉初，以笮人首领为长。西汉元鼎六年（前111）正式置定笮县、大笮县，隶属越郡。蜀汉建兴三年诸葛亮南征后，大笮县并入定笮县。晋及南北朝仍置定笮县。北周天和五年，改定笮县为定笮镇，隶属严州。隋代，定笮镇仍置。唐武德二年（619）置昆明县，隶属州。贞观二十二年，唐征讨松外夷人，在其地设昆明县。至德元年昆明、昌明二县为吐蕃所占据。唐观元十六年，唐收复昆明县，昌明县废治。咸通六年后，南诏占据昆明县，改设为香城郡。大理时期，香城郡废治，为部落如库部所据，隶属善巨郡。元至元十四年，如库部内附，立盐井管民千户，至元十年增设金州。至元十七年改盐井管民千户为闰盐州，以俪俪部设普东州，隶属德平路。至元二十七年，立柏兴府，合并普乐、闰盐为州。改金州为金县，并隶柏兴府。明洪武十五年（1382），柏兴府改隶云南布政使司。洪武二十四年降柏兴府为柏兴州。洪武二十六年废柏兴州，改置盐井卫军民指挥使司，领辖打冲河中左千户所、马剌长官司。清初仍置盐井卫。清雍正六年（1728）盐井卫改置盐源县，并将盐源原辖阿所拉地划设盐边厅，隶属宁远府。盐源县瓜别设别安抚司。

民国元年仍设盐源县，并将盐中(西昌市佑君镇)划属盐源县管辖。

民国二十四年，盐源县隶属第十八行政督察区。

民国二十八年隶属宁属屯垦委员会。解放后，1950年盐源隶属西昌专区。

1952年盐源县城由卫城迁治盐井。

1964年改为盐源彝族自治县。

1978年随西昌地区并入凉山州，复名盐源县。全县幅员面积8376平方公里，境域东西长132.6公里，南北宽129.4公里，县城东距西昌市142公里。