汉初，今合浦县境属南越国辖地。元鼎六年（公元前111年），汉武帝平南越，划出南海、象郡交界地方置合
浦郡，郡治徐闻（今广东省海康县地域），同时设合浦县。合浦县辖地为今合浦、浦北、北海、灵山、钦州、博白、廉江、容县、北流以及邕宁、横县的一部分，统属交州。高凉县、临允县隶合浦郡；统属交州。在今新兴县地域设置临允县（县治在今新兴县城，因县治临近允水即今回龙河而得名），属合浦郡（郡治在今徐闻县），此为新兴县置县之始。
西汉元封元年（公元前110年），设州（或部）以统郡，临允县属交趾部合浦郡。
东汉建安八年（公元203年），交趾部改称交州，治广信（今封开县）。赤壁大战后，建安十五年（210年）交州迁到南海郡番禺县（今广州市），临允县属交州合浦郡。
汉末，今广东省境包括交州辖下的整个南海郡（粤中、粤东），还包括苍梧郡、和浦郡、荆州贵阳郡和扬州豫章郡的一部。
三国汉献帝建安十五年（公元210年），孙权派步骘任交州刺史，合浦属孙吴辖地。吴黄武五年（226年），分合浦以北归广州管辖，黄武七年（228年），合浦郡改称珠官郡，同年划分出合浦县南境设置珠官县，与合浦县同属珠官郡。
吴太元二年至太平三年（252年一258年）复称合浦郡。吴永安三年（260年），划出合浦县西北部设置昌平县（今横县），隶属合浦郡。西晋太康元年（281年），撤珠崖郡并入合浦郡，同年划出合浦县东北部设荡昌县（今容县），建武元年（317年）以后，又析合浦县地置新安县。合浦郡隶属交州，郡址在合浦县城（今浦北县旧州）。
南北朝宋永初元年（420年），合浦郡属交州。元嘉九年至大明八年（432年--464年），划出合浦县东北部
置临漳郡，属广州。泰始七年（471年），划出广州临漳郡和交州的合浦、宋寿二郡，同时增设百梁、龙苏、安昌、南流、永宁、富昌六郡，统称越州。越州和临漳郡驻地在今浦北县泉水乡境内。合浦郡管辖合浦、徐闻、荡昌、朱官、朱卢、晋始、新安6县。郡治在合浦县城。初属交州后改属属广州。
齐建元元年（479年），合浦郡治迁徐闻县。合浦郡辖徐闻、合浦、朱卢、新安、晋始、荡昌、朱丰、宋丰、宋广等9县。永明六年（488年），划出合浦县东北部置北流郡，属越州。合浦郡驻地由徐闻迁合浦县城。此时，越州管辖的郡增至20个。梁、陈，梁天监元年（502年）后，撤销临漳郡及其属县，并归合浦县。越州治所迁合浦县城。
隋开皇九年（589年），将合浦郡并入越州。大业元年（605年），越州改称禄州。大业三年（607年），禄州与合州（今雷州半岛）合并，称合州。同年合州改称合浦郡，隶属扬州，辖11县，其中，合浦、龙苏、封山3县在今合浦、浦北县境内。郡址在合浦县，隶属扬州。
唐合浦郡属岭南道，唐武德五年（622年），合浦郡改称越州。同年析合浦县部份辖地设置安昌、高城、大廉、大都4县，与合浦县同属越州。贞观六年（632年），在今营盘乡境内设珠池县。划出大都县隶属白州（今博白县）。唐贞观八年（634年），越州改称廉州。贞观十二年（638年），撤销安昌、珠池二县并归合浦县。天宝元年（742年），廉州改称合浦郡。乾元元年（758年）复称廉州，辖合浦、封山、蔡龙、大廉4县。驻地在合浦县城。
五代南汉乾亨元年（917年），在今常乐圩附近设置常乐州，并划出合浦县部份辖地，新设博电、零绿、盐场3县为其辖地。是时，廉州辖合浦、封山、蔡龙、大廉4县，廉州驻地在合浦县城。南汉大宝五年（962年），后主刘在海门镇（今廉州镇）设置媚川都，专管采珠。
北宋开宝四年（971年），撤销媚川都。开宝五年（972年）将封山、蔡龙、大廉3县并入合浦县。同年撤销常乐州，将其所属博电、零绿、盐场3县合并置石康县（县城在今石康镇境内），隶属廉州。同年廉州驻地迁长沙场（今石康镇顺塔村）。太平兴国八年（983年），撤销廉州，改设太平军，驻地海门镇。同年撤销合浦县，并入石康县。太平军仅辖石康县。咸平元年（998年），撤销太平军，复设廉州，称廉州合浦郡。同时复设合浦县。廉州合浦郡和合浦县驻地均在海门镇。廉州合浦郡辖合浦、石康二县。
元十四年（1277年），廉州合浦郡改为廉州路安抚司。至元十七年（1280年），改为廉州总管府，至元二十八年（1291年），廉州路辖合浦、石康2县，驻地在合浦县城。
明洪武元年（1368年），改廉州路为廉州府，辖合浦、石康2县，属广东布政司。洪武七年（1374年）廉州府降为州，撤销合浦县，廉州辖石康一县。洪武十四年（1381年），廉州升为府，复置合浦县，钦县复为州。合浦县城为廉州府驻地。廉州府辖钦州和合浦、灵山、石康3县。明成化七年（1471年），将石康县并入合浦县。廉州府辖钦州和合浦、灵山3县。
清顺治元年（1644年），廉州府辖钦州和合浦、灵山2县，驻地合浦县城，隶属广东行省。光绪十四年（1888年），钦州升为直隶州。廉州府辖合浦、灵山2县。光绪二十年（1894年）以后，划出遂溪县的涸洲岛隶属合浦县。光绪三十二年（1906年）廉州府隶属廉钦道。宣统三年（1911年）八月，将廉钦道改称钦廉军政府。廉州府属钦廉军政府，仍辖合浦、灵山2县，驻地合浦县城。
中华民国元年（1912年），撤销廉州府。合浦县直属钦廉军政府辖。同年钦
廉军政府改称钦廉绥靖处（驻地今钦州市）。合浦县隶属钦廉绥靖处。3年撤销钦廉绥靖处，改设钦廉道。合浦县隶属钦廉道。9年撤销钦廉道，合浦县直属广东省。19年合浦县隶属广东省南区绥靖公署（驻地在今茂名市）。25年合浦县隶属广东省第八区行政督察专员公署，驻地在合浦县。
解放后，1949年合浦县隶属广东省南路专区。
1950年合浦县改属广东省钦廉专区。
1951年合浦县隶属广东省钦州专区。同年5月10日将合浦县辖的北海东镇、西镇、高德乡、涠洲乡设北海市。
1952年合浦县隶属广西省钦州专区。同年5月31日将合浦县北部析置浦北县。
1953年钦州专署迁合浦县廉州镇。
1955年钦州专区划归广东省，改称合浦专区，合浦县属合浦专区。
1958年撤合浦专区，将所属县市并入广东省湛江专区。合浦县属湛江专区。同时将北海市和浦北县并归合浦县。
1959年6月份设北海镇（县级），1965年复设浦北县，同属广西壮族自治区钦州专区。
1970年钦州专区改称钦州地区，合浦县属钦州地区。
1987年7月合浦县划归北海市管辖。
1988年被国务院批准为沿海开放县。