伪满时期，现镇内各村分别为厢黄旗和红旗堡两个村子所管辖。

1945年冬，盖平县解放，将其划归为芦屯区。

1946年国民党进驻，恢复日伪区划。

1947年我军收复盖平红旗镇重新划归芦屯区。

1958年6月成立正蓝旗乡，下设6个村，后改称红旗公社，

1968年5月成立革命委员会。

1983年9月撤人民公社建立红旗乡人民政府。

1984年6月，落实民族政策，成立红旗满族乡人民政府。

1995年12月10日正式撤乡建立红旗满族镇。

2004年，国务院（1月8日国函[2004]2号）批准调整营口市部分行政区划：将县级盖州市的熊岳镇、芦屯镇、红旗满族镇划归营口市鲅鱼圈区管辖。