荆州区于1994年10月由原江陵县析置。建区之初,全区辖原江陵县的
荆州、川店、马山、李
埠、弥市5个镇和八岭山、纪南2个乡。
1995年2月,经上级批准,撤销荆州镇,以其区域分设东城、西城、城南、荆北4个街道办事处,其中的城南街道办事处挂荆州城南经济技术开发区的牌子,实行两块牌子,一套班子合署办公。
1995年8月和12月,经上级批准,纪南、八岭山2乡先后撤乡建镇。
1998年6月,经上级批准,荆北街道办事处改建为郢城镇。
2004年9月全省进行农场管理体制改革,将菱角湖和太湖港两个农场划归荆州区管理。