名为马尾镇，因地处马江之尾而得名，隶闽侯县。
1956年，撤销马尾乡，设立马尾镇。
1958年改制为马尾人民公社。
1960年1月，从闽侯县划归福州市，隶属郊区行政办事处。3月，撤销郊区行政办事处，复置马尾镇，隶属市人民委员会。
1962年1月，恢复郊区行政办事处，马尾镇隶属之。 1969年马尾镇改制为马尾公社。
1970年2月，与亭江公社、渔业公社合组为马江公社，直隶市革命委员会。5月，马江公社改制为马江区，下辖马尾、亭江、渔业3个公社。
1972年1月，渔业公社划归市商业局水产站领导。
1975年4月，亭江公社划归郊区管辖。
1978年2月，撤销马江区并入郊区，复设马尾镇，连同马尾公社隶属郊区。
1982年8月，恢复马尾镇，拆郊区马尾镇和马尾公社成立马尾区，为市辖区之一，撤销马尾镇，设立马尾街道办事处。
1995年10月27日国务院（国函[1995]102号）批复调整福州市市辖区的行政区域：马尾镇辖马尾街道办事处和马尾镇，从原郊区划入的亭江、琅岐2个镇和岐山镇的魁岐、建坂、龙门、双协、快洲5个村。区人民政府驻地不变。
1996年1月市区行政区划调整后，从原郊区划入亭江、琅岐2个镇，马尾街道办事处更名为罗星街道办事处。
2000年，闽侯县闽江乡的闽亭、建亭2个村划归马尾镇亭江镇管辖，闽江乡的公婆、胜利、建星3个村划归
马尾镇琅岐镇管辖。2000年，马尾镇辖1个街道、3个镇：罗星街道、马尾镇、亭江镇、琅岐镇。 根据第五次人口普查数据：总人口203527人，其中各街道（镇）人口（人）：罗星街道60446马尾镇32462亭江镇41241琅岐镇69378
2001年，马尾镇辖罗星街道办事处和马尾、亭江、琅岐3个镇，设11个居委会、61个村委会。面积274平方千米，人口15.53万人。
2003年末，全区总面积190平方公里，辖马尾镇、亭江镇和罗星街道，总人口13．8万。
2005年,全区总面积204平方公里，辖马尾镇、亭江镇和罗星街道，总人口13.8万。
2006。全区总面积204平方公里，辖马尾镇、亭江镇和罗星街道，设47个村(社区)，总人口13.8万。