1956年现辖区分属历城县兴隆区、邵而区。

1958年成立人民公社，划入南郊公社。

1963年历城县进行公社调整，成立十六里河公社。

1980年4月成立济南市郊区，成立济南市郊区十六里河乡。

1985年9月撤区并乡，划为十六里河镇。

1987年撤销济南市郊区，十六里河镇重新归属历城区管辖。

1999年12月，十六里河镇整建制划归济南市市中区。

2007年6月，经省政府批准撤销十六里河镇，以原十六里河镇的行政区域设立十六里河街道办事处和兴隆街道办事处。同时现十六里河街道办事处成立。