设治，以其地居宁古塔东部而得名。属宁古塔副都统辖区。光绪七年（1881年），宁古塔副都统派员于三岔口地方设招垦局，招民垦荒。光绪十五年（1889年），将招垦局改为招垦总局。光绪二十八年十二月十三日（1903年1月11日），清廷批准，撤销招垦总局，于三岔口地方设置绥芬厅。宣统元年（1909年）批准，将绥芬厅升改绥芬府，移驻宁古塔城，另于三岔口设置东宁厅，隶属吉林省东南路道。
中华民国成立后，民国二年（1913年）3月，将东宁厅改为东宁县，民国三年（1914年）6月隶属吉林省延吉道。
民国十八年（1929年）2月，撤销道区，由吉林省直辖。时为三等县，东宁县总人口3.3万人。东北沦陷后，初隶吉林省，伪满康德元年（1934年）12月改隶滨江省，伪满康德四年（1937年）7月划归新设之牡丹江省管辖。伪满康德六年（1939年）6月1日，将东宁县北部和穆棱县细鳞河地区划出，设置绥阳县（县政府驻绥阳镇），同时将东宁县城移至小城子，改为东宁街。伪满康德十年（1943年）10月后，先后改隶东满总省和东满省。
民国三十四年（1945年）抗日战争胜利后，初隶绥宁省，后改隶牡丹江专区，再改隶牡丹江三十七年（1948年）7月，划归松江省管辖。同年10月4日，松江省政府决定，撤销绥阳县，并入东宁县，县政府移驻绥芬河镇。
1952年4月28日，松江省政府批准，将东宁县政府迁回东宁镇。
1954年8月，松、黑两省合并后，划归黑龙江省管辖。
1956年3月，划归新设立的牡丹江专区（1967年改为牡丹江地区）。
1975年8月15日，国务院批准，将绥芬河镇划出改设绥芬河市（县级）。
1983年9月3日，撤销牡丹江地区，改由牡丹江市领导。
2015年，国务院批准撤销东宁县，设立县级东宁市，以原东宁县的行政区域为东宁市的行政区域。东宁市由黑龙江省直辖，牡丹江市代管。