从魏塘台基村独圩等地发掘的马家浜文化遗址证实，至新石器时代崧泽文化时期（距今5800—5000年），古“太湖湾”、“嘉善湾”为浅海、泻湖地域；又从地质勘探发现，嘉善有六处牡蛎等海生动物生长层。至良渚文化时期（距今5000—3600年），“嘉善湾”已向沼泽发展，此时古太湖湾水除部分向东南流外，大部分改向东流，故形成今嘉善县河流多为自西向东注入上海市的吴淞、黄浦而入江海。
嘉善县建于明朝宣德五年（1430年），县内台基村及小横港村、姚庄镇大往圩、张安村、西塘镇大舜村黄荡南滩等多处古文化遗址证实， 早在6000多年前的马家浜文化时期已有先民在沼泽开田，种植水稻和饲养牲畜。春秋时为吴、越接壤之地，初属吴后属越。战国时越被楚灭归于楚。秦初属长水县，后秦始皇东游过长水，改长水为由拳县，属会稽郡。东汉永建以后属吴郡。三国吴改由拳县为嘉兴县，今嘉善地为嘉兴县的一部分。隋代并省州县，废
嘉兴县入吴县，属苏州。唐代复置嘉兴县，仍属苏州。五代吴越时嘉兴县改属杭州，后又于基地置秀州。宋时于嘉兴县之魏塘镇置巡检司，元为魏塘务，明初改税课局，后又改巡检司。
明宣德四年（1429）三月，巡抚、大理寺卿胡概巡视江南后，以地广赋繁奏请划增县，翌年三月二十八日敕分嘉兴县东北境之迁善、永安、奉贤三个完整乡和胥山、思贤、麟瑞三乡之部分置嘉善县，定治魏塘，隶嘉兴府。“因旧有迁善六乡俗尚敦庞，少犯宪辟，故曰嘉善”。清循明制。
咸丰十年（1860）至同治二年（1863），太平天国曾在境内建立地方政权。
民国元年（1912）废府，嘉善属钱塘道。
1927年道废，直属省辖。
1932年全省设12个县政督察区，嘉善属第二县政督察区，次年仍改称第二区。
1937年11月被日军侵占，是浙江最早沦陷之县，到1945年9月光复,又为浙江沦陷时间最长的县。
1948年4月，属第一行政督察区管辖。
1949年5月11日嘉善解放，隶属浙江省第一专员公署，11月改属嘉兴专署。
1951年3月枫泾镇区及姚家夏家两村划归江苏省松江县，1958年后并入上海直辖市。
1958年11月21日嘉善县建制撤销，并入嘉兴县。
1961年4月9日恢复县置。
1983年8月，实行市辖县制，嘉善县隶属嘉兴市