邱县历史悠久，始见文字记载可上溯4300多年。《尚书禹贡》载：帝尧七十二年(公元前2286)，禹治水导河至于衡漳(今邱城东南)。黄河历史上两次流经邱境共历时1982年。早在帝尧时，县境即有先民在黄河两岸聚居，渔猎拓荒，繁衍生息。汉宣帝地节三年(前67)置平恩侯国，治在今邱城西，属冀州魏郡。继而更名延平县、平恩县，金代为平恩镇。元至元二十六年(1289)立丘县，清雍正三年十二月二十七日上谕，为避孔丘之讳，加“阝”为邱。先后隶属冀州广平郡、武安郡、沼州、山东堂邑、东昌路(府)、临清直隶州等。抗日战争爆发后，初隶鲁西北，后归冀南区。

1944年5月26日，邱县全境解放，8月县治北迁马头镇。建国后一直隶属邯郸市(专区、地区)管辖。

邱县县名源于平丘山。《山海经》叙：“平丘在三桑东，爱有遗玉、青马、视肉、杨柳、甘粗、甘华、百果所生。”《山海经校注》云：“其地望在国之东北方，颛顼葬其近，犹神丘，沃野、乐园之属。”邱县虽为小县，然自古被称为“形胜之地”。商周时即位居南北水陆交通要冲。黄河上古有大梁横水，史称巨桥。西楚霸王项羽就是在古城营乡南营村一带，破釜沉舟后以九战九捷解了赵王的巨鹿之围，成就了后来的巨鹿之战。这里曾是抗金的古战场，孙思邈也在这里行医济世，邱县在三皇五帝时期就有高士许由，春秋战国时期帮助魏文侯的段干木，御史中丞孙维城等等。