宋、元、明、清四代，黄冈镇一直为粤东军事重镇。据《三阳志》记载，宋淳祐癸卯年间（1243年），潮州知府郑良臣奉旨在黄冈创立城寨；李遇继任知州后，便增设军房，以石砌城，至己巳年（1245年）完成，屯兵百名。宋代的黄冈城寨，为潮州府重要军事门户，辖至鮀浦水军寨。
明洪武三年（1370年），置黄冈巡检司。
明成化十三年（1477年）属宣化都黄冈堡。
明嘉靖戊申年（1548年），因海寇践蹂，居民余廷仁等呈请当道筑城御寇。潮州知府郭春震重建。城内外皆甃以石，周长1200余丈，四门，计费银七千余两。官三（成）民七（成），越明年工乃竣”。自此，黄冈也称瓮城，即潮州府重要军事拱城，捍卫东南海疆。
明嘉靖二十八年（1549年），潮州府于黄冈设海防馆。
明嘉靖四十年(1561年)，黄冈增设通判一名，并移潮州右营到此镇守。
清初顺治（1644年）年间，饶镇总兵吴六奇又重建黄冈城。城垣再度加厚加固，围650丈，高1丈余，城墙坚固倍昔，但城的规模比旧城缩小近半。
清康熙三年（1664年），政府下令饶平隆眼城、宣化、信宁三都居民内迁50里，并拆毁黄冈城（大城所也同时拆），从此黄冈城荒废八年。
清康熙八年（1669年），始准内迁移民回籍复业。
清康熙十一年（1672年），潮州知府宋徵壁再次重建黄冈城。城仍分4门，东门在今百货商场东向地方，城垣从菜场顶绕环城路经北门、西门、南门、沿丁末路至今百货商场相接，成一椭圆形。
清代，设潮镇黄冈协左右两营，左营设副将、都司、守备各一员，千总二、把总四，兵578名，马58匹；
，柘林司也设在黄冈东门内。
民国十七年（1928年），黄冈始立政区。
民国二十九年（1940年）建镇，民国时期，黄冈镇一直为饶平三镇之一。
1950年曾为黄冈区，下辖山楚、霞绕、区北、大河、大新、鸿江、鸿程、林村、东界、汫洲10个乡和黄冈镇。
1951年8月饶平县人民政府在黄冈镇设立办事处，黄冈单独设镇，下设6个办事处。
1953年1月饶平县治由三饶镇迁此，黄冈镇成为了饶平县县城镇。
1958年9月，黄冈、凤江、汫洲、联山合并成立凤江人民公社，1959年6月又从凤江人民公社析出，成立黄冈人民公社，辖步上、竹仔林、燎原（下市）、红光（楚巷）等5个农业大队和下市、楚巷、南门、石埕、西门5个居民委员会。
1979年辖上林、寨上、竹林、红光、联光、燎原、东风、东升8个农业大队和下市、楚巷、石埕、南门、西门5个居民委员会。
1983年恢复黄冈镇人民政府建制，辖下市、楚巷、南门、石埕、西门、红光、城北、河南8个办事处和上林、寨上、东风、联光、东升5个管区。
1986年9月，东界的仙春、碧岗两乡和凤洲区并入黄冈镇。政区至今不变。
镇政府驻地原置于丁未路黄冈蔡厝祠内，1997年改驻地于黄冈镇沿河北路。