黄阁旧名凤凰阁，又名黄旗角。因村后一小山岗凤凰阁而得名。宋代简称凰阁。南宋咸淳九年（1273年），中原汉人麦氏五兄弟因战乱及传闻皇帝失妃事件，惧祸及而携家眷二百余人南迁到此定居，改凰阁为黄阁，隐寓相府台阁之意。据《麦氏族谱》载，宋咸淳九年（1273年）三月十六日，南雄府始兴县十四鄙牛田坊珠玑巷麦必荣、麦必秀、麦必达、麦必端、麦必雄五兄弟携家眷200余人南迁至珠江口，遇狂风大浪，登岸定居，住麦屋山。后散居至海南、广州、湛江、东莞、南海、顺德、中山等地，其子孙繁衍至今。据《小榄麦氏族谱》记载：“必达祖至黄阁，隶香（山）捐钱十万，立石基以防水患”，从现有史料看，黄阁“石基”可能是番禺南部最早的围垦和石堤工程。原来南沙镇深湾村有麦必荣、麦必达墓，後来1994年建设虎门大桥，黄阁麦氏後人把两祖墓迁回黄阁大鹤山（犁头嘴）。镇境连片的沙田，多为南宋以后的700多年间人工围垦而成。

原属东莞县，后改属香山县。

1958年设黄阁公社，1959年划归番禺县。

1980年改黄阁区。

1984年撤销人民公社，设立黄阁区；1987年建立黄阁镇，隶属番禺县；1992年，番禺撤县设市，黄阁为番禺市黄阁镇；2000年，番禺撤市建区，黄阁为广州市番禺区黄阁镇；2005年，黄阁从番禺区析出划入南沙区，为广州市南沙区黄阁镇。