10世纪初期契丹兴起。931年黠戛斯臣服契丹。947年契丹建辽，于黠戛斯地设“辖戛斯国王府”，委任黠戛斯首领为王府大王，同时派辽国官员进行控制。1125年女真建金，称其为“纥里迄斯”。

12世纪末、13世纪初成吉思汗一统蒙古而称雄于世。1199年铁木真征服了乞儿吉思，在叶尼塞河地区设谦谦州进行管辖。乞儿吉思除仍以游牧的畜牧经济为主外，农业、手工业也因蒙古汗国的屯田筹饷、移民设局等措施而得以发展。其实，乞儿吉思人仍主要分布在叶尼塞河上游一带，也有一部分游牧在杭爱山与天山之间。

明朝时期漠兆蒙古瓦剌部兴起，乞儿吉思不堪受其压迫而大批西迁楚河、塔拉斯河地区。明末清初，留在叶尼塞河上游地区的乞儿吉思曾一度节制于喀尔喀蒙古札萨可图汗，后隶属于准噶尔蒙古。

17世纪初沙俄的势力侵入叶尼塞河上游的乞儿吉思人的地区，遭到了乞儿吉思人的激烈反抗。1702年准噶尔策旺阿拉布坦汗为避免其属民同沙俄继续发生武装冲突，派强令乞儿吉思人从叶尼塞河上游地区迁往天山伊塞克湖地区。其后，又有部分乞儿吉思人为摆脱准噶尔部的统治，分别迁至塔什干、费尔干纳和帕米尔高原、喀喇昆仑山一带。他们与原来游牧在这些地区的操突厥语的牧民融合，逐渐成为现代柯尔克孜族。

清代称柯尔克孜族为“布鲁特”。天山以南的称为西布鲁特，天山以北的称为东布鲁特。清朝统一新疆前后，为维护祖国的统一，布鲁特人做出了应有的贡献。

1757年布鲁特协助清政府平定了准噶尔贵族的叛乱，东布鲁特归附清朝;1759年在平定大小和卓之乱的过程中，布鲁特希布察克部落的头领阿奇木比曾率兵攻破大小和卓控制的喀什噶尔，起到了牵制作用。西布鲁特归附清朝。柯尔克孜族归附清朝后，由清政府委任本民族首领统治，享有原地放牧不收土地税、贸易税率减少三分之一等优惠政策，使柯尔克孜族社会得以休养生息。