南京城西有座幽静之所，名曰清凉山。这里也是龚贤晚年的隐居之地。清凉山风景独好，虎踞龙盘尽收眼底，成了慰藉这个这个漂泊者的栖居地。在这里，龚贤自画小像，穿僧服，手持扫帚，作扫叶状，悬于楼堂，以示与清朝统治者格格不入，后人因此将他的旧居称为“扫叶楼”。在这里，龚贤从“白龚”走向“黑龚”，在水汽淋漓的墨色中找到了内心的清凉世界，也会中国古代画史留下了浑厚华滋的一笔。
半生飘零：百苦到老尚谋生
龚贤身处的年代正值明亡清兴，作为一个没有背景的下层知识分子，他身世漂泊，几乎大半生都是在避难和艰难谋生中渡过的。“百苦不一乐，到老尚谋生”。是对他对自己一生遭遇的叹惋。
明万历四十六年(1618)，龚贤出生于江苏昆山官宦之家，他出生时，其实已然家道中落。幼年起随家迁居南京，十岁前，母亲便已去世。
萧平老师谈到：“到南京不久，他父亲另娶。他祖父和父亲一起到四川去公干，从此一去不复返，而且没有任何消息，不知是在路上遇害了，还是如何，这个问题到现在都是一个谜。所以龚贤的少年时代是很不幸的。”
十三岁时，龚贤开始习画，与杨文骢同师董其昌。明崇祯末年，复社成员在南京秦淮河畔结社赋诗，讲学论艺，挽救民族的危机。青年时的龚贤也怀着建功立业的热血，参加了复社的活动。由于人品正直，以及在诗、书、画上均有造诣，龚贤在南京士大夫中渐露头角。
然而好景不长，南明弘光元年(1645)，清兵攻陷南京，年轻的龚贤因野居北郊而幸免于难。战争将他的生活拖入贫困之境。当时，北方已被清军占领，相对比较安定，清廷为复兴农事，圈地复耕，招募流民前来垦荒。为了谋生和躲避战乱，龚贤无奈开始了北漂。但生长在江南的他，长于吟诗作对，却不善于经营，加之身体羸弱，无法长期适应北方的清苦生活，不久后只好南归。
龚贤回到南京以后，早年娶的妻子和孩子都已经在贫病中死去。他孑然一身，茕茕独立，难以生存下去。他在《之广陵留别南中诸子》中写道：“壮游虽我志，此去实悲辛。八口早辞世，一身犹傍人。”字里行间包含着伤感。
迫于生计，他又不得不渡江来到扬州，再次续娶，并以卖画鬻字糊口。后来，龚贤应了泰州府海安镇徐逸的招请，前往滨海小镇海安，当徐逸儿子的家庭教师。在海安，龚贤得到东家的礼遇和关照，宾主相处融洽，总算有了一席安身之地。他一度产生定居海安的想法，说“爱此将添隐者扉”。
大概是难以忍受内心的孤独，龚贤写下“短衣曾去国，自首尚飘蓬。不读荆轲传，羞为一剑雄”的诗句。35岁时，龚贤又离开小城海安，回扬州生活。在扬州的十多年，他看了许多富商巨贾收藏的古代名画，每有看画的机会则不放过，尽力要对方把所有的收藏都拿来观瞻。遇上喜欢的画作，便探究画理，凭记忆反复摹写，得其精髓才肯罢休，大量的观摩使他的诗歌与绘画都走向成熟。
1666年，将近半百的龚贤又觉得在扬州生活没有安全感，他曾言“避贼还避兵，奔腾如惊禽”，于是决心迁回家乡南京。但回南京没多久，又遭到权势者的迫害。
如果说青年时代的龚贤还有一腔政治抱负，经过多年的漂泊，遍尝世事悲欣，他不免产生了归隐的想法，为了再次避祸，龚贤最后决定隐居于南京城西的清凉山。
他在山上购置数间房屋，屋旁有半亩地可以种竹栽花，所以他将住所取名为“半亩园”。“半亩园”的地点非常好，可以登高远眺、纵览故国江山，也可以亲近自然，安心绘画。龚贤曾请王翚画了《半亩园图》，并题了长跋来描写“半亩园”的景色：“清凉山上有台，亦名清凉台。登台而观，大江横于前，钟阜横于后。左有莫愁，勾水如镜;右有狮岭，撮土若眉;余家即在此台之下。转身东北，引客视之，则柴门犬吠，仿佛见之。”
清凉隐居：课徒授业 穷造化之理
龚贤在清凉山隐居以后，潜心绘画，研究画理，除了与周亮工、方文等同道故交有所来往，几乎断绝了一般的应酬交往。龚贤晚年不仅卖画、卖字，还招收学生教画，教导学生不要“奉师说为上智”，而是将“师造化”的重要性传递给学生。
在教学方法上，龚贤做到了切实具体，有针对性。他为学生们作演示，把山水画中的树木山石、江河流水、房屋桥梁等逐一加以分析和讲解，指明画法的程度、应注意的方面以及初学者所最容易犯的毛病。他以浅显的词句，将自己的绘画思想明确切实地表达出来，平易近人，深入浅出。
例如，龚贤向学生指出：“桥有面背。面见于西上，则背见于东下，往往有画反者，大谬也。”“画屋要设身以处其地，令人见之皆可入也。”“画屋固不宜板，然须端正。若欹斜使人望之不安。看者不安，则画亦不静。树石安置尚宜妥贴，况屋子乎?”“凡画风帆，或其下有水草芦苇杨柳之属，皆宜顺风，若帆向东而草头树枝皆向西，谓之背戾，乃画家大忌。”
龚贤不厌其烦地向学生强调这些细节的真实，一丝不苟，注意引导学生观察和体验自然，通过对自然的认识去理解前人画法。
龚贤有好几种山水画课徒稿传世，图旁有关于各种画法的批注。后人把他的课徒画稿上的解说汇编而成册，即是《画诀》，是为初学者讲解山水画的一些基本技法。
萧平老师指出：“龚贤有一个重要的学生王概，李渔编写《芥子园画谱》，就是由王概执笔画的。”可见龚贤的教学成就。
南京艺术学院教授商勇指出：“龚贤的艺术思想的核心就是认定绘画艺术的本源在于自然。他反对当时画坛上一味摹仿古人，泥古不化的风气。与石涛一样，他认为画家应该面对自然进行创作。”
龚贤曾说：“古人之书画与造化同根，阴阳同候，非若今人泥粉本为先天，奉师说为上智也。然则今之学画者当奈何?曰：‘心穷万物之原，目尽山川之势，取证于晋、唐、宋人，则得之矣。’”龚贤指出，那些盲目仿古而不能有所创造的人的病根在于“泥粉本为先天，奉师说为上智”。龚贤认为绘画创作的真正的源泉在于自然，而不是古人，提倡到自然中去理解前人的画理。古人和传统只应作为“取证”，学画首先应直接观察自然。古人传统不是“源头”，真正的“源头”是自然。
龚贤曾向他的学生说，“至理无古今，造化安知董与黄?”龚贤受到程朱理学的影响，他认为，“理”是宇宙的本体，自然的“理”从古至今都是一样的，是一种永恒的客观存在，对于古人和对于今人并无什么不同，为何人们不能面向自然去进行独立创造呢?自然并不知道有一个画家叫董源或黄子久。
隔溪山色图轴
龚贤的“庸手”与“生手”的理论也极为精辟。“安而不奇”的画家，只知道机械如实地复制自然，而这种照搬与复制往往会使得本来鲜活的自然变得更加呆板。他们被称之为“庸手”。龚贤指出，与其做一个“庸手”还不如做一个“生手”。因为“生手”虽技巧不够，不能把对象描绘得尽善尽美，但往往能保持艺术的风采以及心灵的真诚。
“白龚”走向“黑龚” 画出心中的氤氲山色
龚贤之所以能独立成家，他的一个引人注目的特点便是用墨与同时代的画家不同。同时代的四王是当时的主流，他们在案头临摹仿效黄公望和倪云林，追求的是笔墨的“天真幽淡”，体现的是学者型的书卷气。龚贤则学习宋人师法自然，所推崇的是董源、米芾、吴镇以及离自己最近的沈周，结合自己对自然山水的观察和感受，形成了浑朴中见秀逸的积墨法，不同于“四王”所倡导的笔笔有古意的创作格法。商勇教授谈到。
龚贤晚年绘画浑厚华滋、墨气淋漓，被称为“黑龚”，而早期枯笔简淡的风格则被称为“白龚”。萧平老师说：“龚贤创造的第一个符号就是他的‘白龚’，在他四十岁前后完成了这种创造。明末清初崇尚枯笔，中国山水画中多是崇尚枯和简。”
“龚贤在看到米芾的作品之后，他好像是惊心动魄一样，因为米芾画得非常黑。他在心中思索，怎么才能把画变白为黑?”
“气宜浑厚，色宜苍秀”，这是龚贤对山水画整个画面视觉效果的要求。江南的丘陵河川以及广袤的平原是龚贤的视觉经验。但凡见过江南丰饶明丽山川者，都会感到“浑厚”与“苍秀”确是眼前之景最精到的概括。如何表现这“浑厚”“苍秀”?龚贤放弃了中国画法中常用的“破墨”技法，这种技法在元明清文入画中非常普遍，就是利用水墨在生宣纸上的一次性渗透达到表现效果。
龚贤运用的是宋人的“积墨”法。他画的山石树木总是经过多次的皴擦渲染，墨色极其浓重，而浓重里却隐含着丰富细微的明暗变化，通过层层积效的对比关系来传达山水的“浑厚”与“苍秀”。他画的石头，轮廓中大部分为笔迹严整浑成的多次皴擦渲染，而仅在合“理”的地方留下空白的受光部分。石头的厚重体积，坚硬的面的转折，以及在湿润的空气中被浸润的质感都得到了恰当的体现。
夏山过雨图轴
龚贤用墨擅长利用黑白对比的效果，他曾说：“非墨无以显其白，非白无以判其黑。”他画中的空白处虽然不着一笔，却能使人感觉到空朦弥漫的雾气或是清澈透明的汪洋湖泊与河流。他用墨最基本的要求就是“润”。他画的树能达到苍翠欲滴的效果就在于用墨之“润”。龚贤认为要把“润”和“湿”区分开来。“墨言润，明其非湿也”。“润墨鲜，湿墨死”。“鲜”就是有光泽和勃勃生机，但“湿”而不“润”的用墨，下笔之后不能恰当地掌握墨与对象表现要求相适应的浓淡干湿的变化，最后使墨只能浮于纸上，或是一片糊涂而成为一团死墨。
“从四十岁前后，到五十岁完成“黑龚”，中间相距十年时间。这十年中有一个过程，就是‘灰龚’阶段。这是不断加深的过程。当他完成‘黑龚’时，实际上带有反潮流风格，因为那个时代作品大部分都是偏白、偏枯而简，这是那个时代的风尚。所以，中国绘画史上，山水画史上，最黑的面孔，就是龚贤。龚贤是非常自得，他讲自己前无古人后无来者。他前面虽然学的是米家，大米、小米到高克恭，但是工笔米家山是他创造的，没有谁能够积墨到七遍八遍十遍，只有龚贤做到了。”萧平指出。
另一方面，龚贤将山水画艺术的表现技巧概括为四个根本的元素：笔法、墨气、丘壑、气韵。他认为“必笔法、墨气、丘壑、气韵全而后始可称画。”在笔、墨、丘壑三者之间，龚贤认为丘壑十分重要。他说：“丘壑虽云在画最为末著，恐笔墨真而丘壑寻常，无以引游之兴。”龚贤在审美上秉承了晋唐北宋士大夫画家描绘“可游可居之境”的精神，认为山水画的首务在于画出自然的美景，即那些不“寻常”的“丘壑”，以引动人们的“卧游之兴”。
龚贤认为，徒有笔墨技巧而没有引人人胜的丘壑，这样的山水画并不能传达自然真实的精神，是不成功的。龚贤在当时已经认识到了艺术不能违反现实的真实，但又必须高于现实的真实。在一则题跋里，龚资曾说到过山水画中的丘壑看去好像是“幻境”，但“虽曰幻景，然自有道观之，同一实境”。这里同样是说明了画中的丘壑既是完全真实的“实境”，却又不等同于现实中的丘壑，而是现实真实的提炼与升华，以致使人看去觉得好像是一个美妙的“幻境”。
对于用笔，龚贤认为“欲秀而老”。“秀而老”就是准确而简练，流畅而有变化。龚贤早年用笔稍有钝滞，但到了晚年则大胆泼辣而苍劲活泼。他在勾勒一些房屋桥梁以及枯树峭壁时，随意数笔便表现各自的精神，真正显示了他用笔的“秀而老”。龚贤的好友、画家程正楼曾在赠诗中这样评价他：“铁干银钩老笔翻，力能从简意能繁。”这句话准确地道出了龚贤用笔的特点与成就。
龚贤的山水画非常重视构图。他的画视野开阔，气象万千。他吧“三远”构图发发挥地极为巧妙，往往提高视线的角度，“平远”构图，多采取俯视角度，这样视野开阔，平淡中倍增飘渺的感觉。尺幅之中，山河无尽。作“高远”构图，先俯视，尔后眼光往上作仰视，真有下揽深谷、上突危峰的气概。他十分注重上下的位置。他的山水画一般很“满”，但“满”而不塞，常常用云带、流水作为空白透气。从整个画面来说，构成了龚贤笔、墨、丘壑浑然一体的气韵。
商勇教授表示：今天看来，龚贤是一位具有现代意义的山水画大师，他对现代山水画大师如黄宾虹、李可染等人都有较深的影响。
康熙二十八年(1689)，龚贤年约七十岁“死于豪强索书之手”。据记载，在龚贤去世前，有一个颇有权势的“豪横”向龚贤强索书画，龚贤贫病交加，再逢精神磨难，致使卧床不起，不久便含恨长逝。死后因贫不能具棺葬，丧事全凭好友孔尚任料理，并帮其抚养遗子。龚贤遗柩后归葬祖籍江苏昆山。
十年后，孔尚任完成名剧《桃花扇》，其中许多内容就是龚贤在南京的亲身经历。孔尚任曾作《哭龚半千》诗四首，其三曰：“尺素忽相投，自言罹大病。缘有索书人，数来肆其横。问我御暴方，我有奚权柄?哀哉末俗人，见贤不知敬!郁郁听其亡，谁辨邪与正?”孔尚任认为是无赖小人不知敬畏，所以造成了一位贤者的不幸。