普米地区的土官设置始于元代，土司制度则完善于明代。明清两代，土司都是世袭的。明清两朝和国民党政府，虽然都曾经逐步在普米地区推行改土归流政策，废除土司制度，但直到1949年中华人民共和国成立，永宁、蒗渠等地区仍保持土司政权。担任土司的全是纳西人的支系摩梭人。永宁土司是当地的最高长官，实行嫡长继承制，次子担任喇嘛寺堪布。政治和宗教大权都集中于土司的家族手中。土司之下设总管一名，把事数名。总管负责管理土司辖区内一切大小事务。把事是土司的助手，相当于副总管，负责管理内务。土司衙门设有监狱和常备兵，以巩固土司政权，镇压各族农奴的反抗。

把事之下，在中心区设“伙尼官”一名，管理经营庄园。边缘地区划分为二十四个管理区，分封亲信任“二十四管人”，职责是征收贡赋钱粮上交土司，管人可以办码抽头。基层的行政权由伙头掌管。伙头的任务是征收钱粮，执行土司的指令，为百姓调解纠纷，维持村寨内的秩序等等。伙头也是世袭的，由土司分给伙头一块俸禄地，称为伙头地。村寨中还设汉基一人，辅助伙头办事。土司是辖区的最高统治者，全区所有的土地资源都归土司所有，人民只能向土司领取耕地，按规定向土司交纳地租和承担其它义务。普米族百姓向土司领种份地时，要以交纳地租、从事劳役和人身依附为条件。属于百姓所使用的土地可以长期耕种，后来也可以出租和典押，但土地不能买卖。

普米人与摩梭人(自称“纳日”)都习惯于“巴——纳日”联称。近代统治泸沽湖地区普米族的土司几乎都是摩梭人。据普米族传说，他们的社会里没有当头目的，后来人多了，分居多处，互相不服，械斗打冤家，很不安宁。其时适逢左所喇嘛土司家的祖先由盐源逃难到来，普米人见他能办事，又会与汉官打交道，就请他在普米地区主持办事，担任部落联盟的首领。后来，有个叫沙边的家支，人口发展较快，想争当首领，便向摩梭土司进攻。

可是，沙边家的脱离群众，因此普米群众不服沙边管，反而支持土司。土司又买通了沙边家的奴隶，用计将沙边射死。此后，土司的势力才强大起来，得到了实际的政权。摩梭土司从沙边的失败中得到了教训，很注意普米与摩梭的团结，经常强调普米与摩梭的联合关系，他讲话时总将普米提在前面，表示尊敬。这就是“巴——纳日”联盟。