李贽在现代被认为是一位伟大的思想家，而当时他是因为思想是“异端邪说”而被捕入狱，所以被称之为明朝第一思想犯。《李贽：明朝第一思想犯》是一篇介绍讲述李贽一生的文章，在网上颇为有名，还被多家媒体转载过。作者名叫彭勇，是中央民族大学的教授，研究方向是明清的历史。文章标题就把李贽评价为明朝第一思想犯，内容里更是在小标题上依次评价他为傲慢清官、学术和尚以及剃下的亡魂，分别讲述李贽为官时、寓居研究学术时以及最后被捕入狱时的经历。
文章最为出彩的地方就是作者诙谐幽默的文风，仿佛他不需要顾及历史的严肃性。文中对李贽以及他人的调侃和讽刺无处不在，比如他说李贽出畅销书是大众偶像，说顾炎武嫉妒得说话酸溜溜，说李贽不要天上掉下的馅饼等。此外，作者在文章里用词也十分现代还有不少网络用语，他用“小样”、“粉丝”、“幸福像花儿一样”等。《李贽：明朝第一思想犯》不是一篇正统的历史文章，更像是故事小品文。虽然作者戏谑李贽，但他仍保持底子里对他的尊敬，真正讽刺的对象是明朝的朝廷与社会。这从文末最后一句话可知，李贽用剃自刎追求了他的自由，他的死“宣告了明末思想界的沉寂，宣告了自由时代的遥遥无期，也宣告了对封建朝廷无声的蔑视”。李贽是明代著名的思想家，他提出的许多主张，现在大多被现认为是进步的。他的哲学思想与当时正统的理学不同，偏向于主观唯心主义，这跟他信奉心学和佛家有不少关系。李贽强调“真心”，认为世间万事都只存在于一颗真心之中，这和王阳明的主张可谓一脉相承。
李贽的思想主张极具批判性，和传统不符甚至相对，这也是他常被认为离经叛道以及最后被捕入狱的原因。他批判的对象有：一，儒家学说。他贬低甚至否定孔子和孟子的圣人地位，认为人人都可以成为圣人，所以不用向圣人学习，更加没有必要以他们的是非观作为自己的标准。这一主张本质上就是在崇尚个性。二，封建礼教。他抨击封建礼教对思想的禁锢，尤其为受压迫的妇女鸣不平。为此，他时常痛斥那些维护封建礼教的人，指责他们是假道学，是伪君子。三，封建统治。李贽著有一本《藏书》，对许多历史人物进行了评价。他揭露封建统治者的残暴、朝廷的腐败，这是他在表达对现实政治的不满。四，重农抑商。他主张功利主义，强调商业的重要性。这些主张在当时形成了轩然大波，被当时以及后来明清的许多文人狠狠地批判。
在文学上，李贽提出了“童心说”。他主张写文作诗不能弄虚作假，而要表达个人内心的真实的感情和想法。他的这一主张，是在反对当时社会上流行的复古的文风。万历三十年(1602年)，李贽在通州好友马经纶的家中被捕。李贽在55岁辞官后就在湖北寓居，先是住在好友耿定理家中，后来一个人住在麻城芝佛院。期间读书、著书，时常还会进行讲学。据说在他讲学时，来听的人有数千人，而且中间还有一些女子，可见李贽的学说在当时当地很受人欢迎。马经纶也是因为仰慕李贽之名，后来来麻城找他。不过当时，李贽正被麻城的官府以及当地的卫道士们抨击，说他是异端邪说。虽然李贽浑然不惧，他们还是毁了他的住所，把他驱逐除了麻城。于是，之后马经纶就把李贽带到了通州。此后一年，两人亦师亦友，一起读书做学问直到李贽被捕。李贽被捕时已是76岁，不仅年老体衰而且疾病缠身。
据说，李贽被捕时多次劝马经纶自己走，之后又有家人和好友来劝，可他还是毅然决然地陪着李贽去了京城。李贽在狱中时，他也想方设法照料并为他辩解。在李贽自刎死后，也是马经纶按照他的遗言将他安葬在通州。李贽被捕是在通州，最后安葬也是在通州，具体在通州北门外迎福寺侧。之后，李贽的好友和晚辈都为他立下墓碑，可惜还是遭人破坏。李贽的墓地多次被迫迁移，如今位于北京通州西海子公园内，也保留了一块万历年间的墓碑，另外还有东西两块搬迁时立的新碑。李贽墓现在是北京的文物保护单位。
李贽死后虽然明清两朝的人对他毁誉参半，但到了近现代他思想主张的进步性得到了肯定，他的地位也随之提高，他少年时居住的地方现在也成了李贽故居。李贽故居现在位于福建泉州的鲤城区南门万寿路。李贽当年就出生在这里，他家虽然是回族人，但祖上在明初就搬迁到此，据记载是永乐年间。而当时李贽家族十分富裕，尤其泉州又以港口商贸闻名，所以故居所在的地方那时候是一片商业区。不过等到李贽出生，家道已经中落，旧屋也遭焚毁，所以这房子是李贽后来重建的，在他死后更是有所扩建。即使如此，故居也只是一座普通的民房，两边都是人家和小店。保留至今的只有一个厅堂，现在已经修复作为纪念堂。
故居的院子中央，摆放的是李贽的半身塑像，书生装扮，面目苍老，眉头紧锁。塑像下是个四四方方的大理石，正面刻着李贽的生平简介，寥寥百来个字。院子里面就是仅剩的厅堂，厅堂门上挂着“李贽故居”的横匾，两侧各一个红色灯笼。而在左边的墙上，竖挂这一块木匾，上面也是“李贽故居”四字。而在窄小的厅堂里，摆放着一个全身像和几个展柜，展柜里是李贽的著作和一些历史资料。墙上刻的则是现代书法家写的对联。此外，故居从前曾经出土过两枚李贽印章如今，李贽故居已经被列为福建省的重点文物保护单位。