长期以来，处在统治阶级压迫下的奴隶们纷纷起义，宗教的势力也逐渐衰减。高原出现了王族割据的局面。这种纷争的局面持续了三四百年之久。
在这些割据的王族中，只有四个王族势力较大，这就是前藏的拉萨王系、后藏的亚泽王系、山南地区的雅隆觉王系和阿里及拉达克地区的阿里王系，其中以阿里王系的势力最强盛，所以这段时期又称为阿里王朝时期。
阿里王朝是达磨赞普的曾孙赤吉德尼玛贡所创立。到1038年，由于政治相对稳定，尼玛贡的接班人、古格王智光派人到盂加拉礼聘高僧阿狄夏迪巴卡拉来传法。后者在1042年到达。他是一位佛法高深的僧人，对天竺古代医学当然也有精深的理解，尽管他到达阿里时巳经年届花甲，但他仍努力弘扬佛法，使佛教的理论得到系统化和规范化的发扬，从而被尊称为“佛尊”。佛教再度兴盛，是为古代佛教的“后弘期”。
这样又过了相当一段时间，到13世纪初，萨迪地区的政权强盛起来了。此时，中原地区巳经建立起蒙古族统治的元王朝，元太宗窝阔台派次子阔端西征。萨迦的花教教主贡哩坚参代表地区势力与阔端会见，表示愿意归顺。1270年，元世祖在京接见萨选教主八思巴（1235—1280)，并册封他为“大室法王”，赐给金印，还把当时全藏十三万户地方归由他统辖，是为萨迦王朝，这是地方正式归入中国的统一版图的开始。八思巴对于维护祖国的统一、繁荣经济、稳定政治形势、发展包括藏医学在内的文化做出了很大的贡献。
公元1354年，山南地区帕姆竹的万户长练丘坚赞(1302—1364)起兵，推翻了信奉花教的萨迦王朝的统治，建立一个政教合一的、信奉白教的帕姆竹王朝，受到明王朝的承认和册封。到第五代法王札巴坚参时，宗喀巴创建了黄教，得到法王的赞许。当时正值明王朝初建，釆取怀柔政策，与边疆各民族和平相处。在，广泛设立溪卡的封建庄园。这说明，社会已经由奴隶制进入封建农奴制。这些对于地区政治稳定、经济繁荣、文化发展起到一定的保证作用。
在这样一个政权频繁更迭的社会里，人们难于比较安定地从事一种专业的研究，因而不容易出现象前一阶段吐蕃时期那种划时代的经典巨著。但这种局面对医学也有其另一种积极的作用，就是不同环境中的医学家会提出不同的见解，出现了互相争鸣的局面，从而进一步促进了学术的繁荣和进步。
当阿狄夏来到阿里王朝以后，他进一步带来古印度的医学。首先自己编译了一些医著，包括《头部伤的固定治疗》、《补精甘露秘方》。另外，他还带来了印度吠陀寿命医学的重要医著《八支药方》及其注释本《月光》，从而进一步促进了藏印医学的交流。
北方学派以朗杰札桑(1394—1475)为代表。他出生在昂仁县，曾系统地学习过佛学、语言、文学、天文、历算和医学，并拜著名的拜珀东乔勒朗杰和班钦纳吉仁钦为师，受到明王朝册封为大司徒，对医学尤其精通，医学著作很多，比较有名的包括：《八支集要如意珠宝》，共120卷，对《根本医典》的注释《本论注议义明灯》和《释论注甘露河流》、《小疏义显》、《后论释难万想如意》、《医学宝匣》、《词意显明》等。另外，他还着有一些短小的医论，如《三百六十种医法辨析》、《医学根本续明灯》、《九绝疲分辨》、《奇幻口诀书信》、《医生问答狮戏》等等。在这些医著中，他根据经典著作的教诲，通过本身的实践，作了个人的发挥，创制了不少新方。他还根据北方自然条件的特点，气候、地形以及特殊的生活方式，进行经验总结、辨别药物，尤其擅长用温热性的药物对北方常见的一些疾病，包括风寒湿引起的风湿病进行治疗。也较擅长用艾灸疗法及放血术。
南方学派的出现比北方学派略晚，其代表人物为舒卡年姆尼多吉，他1439年出生于前藏塔波拉妥舒卡，又名达磨沙米底欧却吉，父亲是一位医生，他除学习家传的医疗知识和经验外，还从汀顿旺丘桑布、阿旺札巴等人学习医学及五明学，当时才10岁。14岁时，他曾与北方学派的名医弥易尼玛互相学习，讨论医学问题，据说在16岁左右就已学有所成，著成一部《千万舍利》，其意为以一颗舍利总诀千万个重要医学问题，自此声名大噪。以后，又陆续著成《四部医典广注水晶彩函》、《四部医典问难银镜》、《格言阳光》、《自他皆益的教诲》等等。他曾经与山南塔贡地区的涅、洛、恰、埃、娘、工布的医生们在一起，对自己所着的《珍宝药物形态识别》、《药昧铁发》、《甘露池》、《甘露库》等著作中的药物，就性味、功效、本质、主治病证、作用等进行讲解和论述，从而使这一地区的医学空前繁荣。
总之，在年姆尼多吉创立南方学派之后，人才辈出，尤其对《四部医典》的研究，深有心得和发挥。除了这两大学派之外，藏区还有一些其他的学术流派。如在宗教派别中的萨迦派、噶举派、格鲁派中，也各出了不少名医，如察瓦宫却嘉、葛玛让穷多吉等等，都各有自己的著作。在藏历第10个绕迥木羊年出生的直贡却吉札巴(公元1595—1659)，又继承了南方学派各师长的遗训，苦练技术，著有《四部医典注文》和论述一千零一种定数对策的《言教美饰》、记载珍宝大黑丸的记录《贤者欢喜》、治疗风湿病的《保寿救命》、治水肿的《秘密管引》等共25类上百种配方，成为一个直贡学派。